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Un intérêt certain s'est développé pour les petits ARN (sRNA) depuis qu'ils ont été identifiés comme d'importants régulateurs métaboliques et adaptateurs aux stress chez la bactérie. Chez l'entérobactérie Escherichia coli, plus d'une soixantaine de petits ARN sont connus; ces ARN de moins de 300 nucléotides ne codent en général pour aucune protéine. L'un de ces petits ARN, RyhB, est impliqué dans le métabolisme du fer. La régulation de gène ryhB est contrôlée par Fur, un répresseur de transcription liant le fer, et le gène est exprimé lorsque la bactérie est soumise à une carence en fer. Une fois exprimé, le petit ARN RyhB s'apparie à une vingtaine d'ARN messagers (ARNm) cibles, et le duplex d'ARN est dégradé par un mécanisme dépendant de la RNase E. Étant donné que toutes les cibles de RyhB codent pour des protéines qui utilisent le fer ou l'emmagasinent, ce mécanisme permet de réguler étroitement l'utilisation du fer lorsque ce métal se fait rare. Le mécanisme d'appariement très spécifique de RyhB sur ses cibles est peu connu. Cependant, il a déjà été proposé qu'une protéine chaperonne ARN, Hfq, pourrait promouvoir l'appariement entre RyhB et ses cibles: en se liant sur chacun des ARN, la protéine les rapprocherait dans l'espace, favorisant l'appariement. Aussi, il a été démontré que la présence de cette protéine était essentielle au maintien de l'intégrité de RyhB. Dans cette étude, nous proposons qu'en plus de promouvoir l'interaction de RyhB avec ses cibles, Hfq serait un acteur essentiel pour la spécificité de cette interaction. Nous avons établi un système comparatif entre les cibles de RyhB et d'un ARNm cible potentiel, dit noncible. Nous avons d'abord caractérisé la liaison de Hfq avec ses ARNm cibles, puis l'avons comparé celle de la non-cible. Nous avons pu ainsi montrer une préférence de Hfq pour les ARNm cibles. Nous montrons clairement que Hfq favorise l'appariement de RyhB aux cibles, mais inhibe son appariement avec la non-cible. De plus, nous avons déterminé que Hfq semble se lier aux ARNm cibles sur leur région d'initiation de la traduction, affectant la traduction, et par le fait même, leur stabilité. Finalement, nous croyons que c'est la protéine chaperonne Hfq qui détermine spécifiquement quels ARNm RyhB doit cibler. |
