Caracterização molecular de vírus que infectam inhame (Dioscorea spp.) no nordeste do Brasil

Autor: LIMA, Joyce Silva
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2012
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPEUniversidade Federal Rural de PernambucoUFRPE.
Druh dokumentu: Doctoral Thesis
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
The yam crop (Dioscorea spp.) has a great socioeconomic importance for the Northeast region of Brazil, due to the excellent nutritional quality and energy of its tubers, with potential for export, especially for Europe. However information about the occurrence and distribution of yam viruses are limited in Brazil, the major constraints to yam production, are the viral pathogens. In this study, surveys were conducted to detect the occurrence of viruses yam in produtive areas in northeastern Brazil. The analysis of sequences of virus in yam leaf samples from Alagoas, Pernambuco and Paraiba states were evaluated using the molecular techniques polymerase chain reaction (PCR) and rolling circle amplification (RCA) which revealed the occurrence of badnavirus and geminivirus. Analyzing the partial nucleotide sequence in the RT/RNaseH encoding region, was observed that the isolates of badnavirus correspond to the species Dioscorea alata bacilliform virus (DaBV) and presented nucleotide sequences identity with 50 isolates of DaBV varying between 78-97%. It was also observed that a group with four isolates unrelated to any species of Badnavirus genus, indicating the possibility of being a new phytovirus genus or corresponding to endogenous sequence. Some samples showed the presence of a new begomovirus closely related to species that infect tomato and weeds. A curtovirus was also detected in yam samples and it was related to the described specie Beet mild curly top virus, not reported in Brazil in any host. These results suggest that DaBV is a widespread virus found in northeastern Brazil, the possible presence of endogenous sequences in yam and records the first report of geminivirus in yam and monocotyledonous in Brazil.
A cultura do inhame (Dioscorea spp.) apresenta grande importância socioeconômica para a região Nordeste do Brasil, devido à excelente qualidade nutritiva e energética de suas túberas, apresentando potencial de expansão via exportação de túberas, especialmente para a Europa. Patógenos virais estão entre os principais fatores que ameaçam a produção e produtividade de inhame e circulação segura de germoplasma, contudo informações sobre a ocorrência e distribuição de vírus de inhame são limitadas no Brasil. Neste estudo, as pesquisas foram conduzidas para detectar a ocorrência de viroses nas zonas produtoras do Nordeste do Brasil. A análise de um total de 425 amostras de folhas de inhame obtidas em áreas de cultivo, localizadas nos estados de Alagoas, Pernambuco e Paraíba foram avaliadas através das técnicas moleculares de reação em cadeia da polimerase (PCR) e amplificação em circulo rolante (RCA) que revelaram a ocorrência de badnavírus e geminivírus. Analisando a sequência parcial de nucleotídeos da região codificante RT/RNaseH observou-se que os isolados de badnavirus correspondem à espécie Dioscorea alata baciliforme virus (DaBV) e apresentam identidade de seqüências de nucleotídeos de 50 isolados de DaBV variando entre 78-97%. Constatou-se ainda um grupo de quatro isolados que não se relacionaram com nenhuma espécie do gênero Badnavirus, podendo constituir um novo gênero de fitovírus ou corresponder a sequências endógenas integradas. Em algumas amostras foi constatada a presença de um novo begomovirus estreitamente relacionado com espécies que infectam tomate e plantas daninhas. Um curtovirus também foi detectado nas amostras de inhame e relacionado com uma espécie já descrita Beet mild curly top vírus, ainda não relatada no Brasil em nenhum hospedeiro. Estes resultados sugerem a ampla disseminação do DaBV no Nordeste brasileiro e a possível presença de sequências endógenas em plantas de inhame e registra o primeiro relato de geminivírus na cultura do inhame e em monocotiledôneas em geral no Brasil.
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