Identificação de genes relacionados ao sistema imune do camarão marinho Litopenaeus vannamei

Autor: LIMA NETO, Edvaldo Cavalcante de
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2006
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRPEUniversidade Federal Rural de PernambucoUFRPE.
Druh dokumentu: masterThesis
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Viruses are among the most harmful pathogens found in aquaculture and are the most numerous and diverse of the pathogenic agents described to crustaceans. The knowledge about genes associated to immunity viral response, as well as the relationships between pathogen and host still very incomplete. Moreover, shrimp cell lines are not available, thus limiting primary systems of cellular culture to assist searches in genomic expression. The Expressed Sequence Tags (ESTs) analyses have become a common tool used to identify genes involved in some specific biological functions, particularly in organisms in which genomic data are not available. The Laboratory of Applied Genetics (LAGA) of the Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE) is one of the members of the Shrimp EST Genome Project (ShEST), assisting on sequencing and search for genes related to shrimp immune response against the viral infections. Libraries of different tissues (muscle, hepatopancreas, ocular peduncle)and different larval stages of Litopenaeus vannamei were sequenced using BigDye Terminator Sequencing Kit (Applied Biosystems) or ET-Dye Terminator (Amersham/GE Healthcare) and M13 universal primer (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3'). The sequences were analyzed in automated sequencers MegaBace1000 (Amersham/GE Healthcare) and Applied Biosystems 377 (ABI377). These sequences were analyzed using the Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). The results presented homology with interferon system proteins, like 2’,5’-Oligoadenylate binding protein, Toll like receptors, JAK/STAT and Interferon like protein. The 2’,5’-Oligoadenylate binding protein would be the first protein related to interferon system described in shrimps. A lot of sequences are still need to be investigated to complete the whole genome of Litopenaeus vannamei, nevertheless there are indications that this animal has a complex antiviral defense system, similar to interferon.
Os vírus estão entre os patógenos mais danosos encontrados na aqüicultura e são os mais numerosos e diversificados descritos para os crustáceos. O conhecimento sobre os genes associados à resposta imune viral, bem como a relação entre patógenos e hospedeiro ainda é escasso. Além disso, não há disponibilidade de linhas de célula para camarões, o que limita os sistemas primários de cultura celular, que por sua vez subsidiam pesquisas voltadas à expressão gênica. A análise de Seqüências Expressas Identificadas Expressed Sequence Tags (ESTs) tem se tornado uma prática comumente utilizada para identificar genes envolvidos em funções biológicas específicas, especialmente em organismos onde os dados genômicos ainda não estão disponíveis. O Laboratório de Genética Aplicada (LAGA) da Universidade Federal Rural de Pernambuco (UFRPE) é um dos participantes do projeto genoma EST do camarão Litopenaeus vannamei (ShEST) auxiliando no seqüenciamento e busca de genes de L. vannamei que atuam na resposta imune dos camarões contra as infecções virais. Foram seqüenciadas bibliotecas de diferentes tecidos (músculo, hepatopâncreas, pedúnculo ocular, etc) e diferentes fases larvais de Litopenaeus vannamei usando BigDye Terminator Sequencing Kit (Applied Biosystems) ou ET-Dye Terminator (Amersham/GE Healthcare) e o primer M13 universal (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3'). As seqüências foram analisadas em seqüenciadorores automáticos MegaBace1000 (Amersham/GE Healthcare) e Applied Biosystems 377 (ABI377). Estas seqüências foram analisadas usando-se a Basic Local Alignment Search Tool (BLAST). Os resultados obtidos apresentaram homologia com proteínas do sistema interferon, como 2’,5’-Oligoadenylate binding protein, Toll like receptors (TLRs), JAK/STAT e interferon like protein (IntlP). A 2’,5’-Oligoadenylate binding protein pode ser a primeira proteína descrita para camarões que está relacionada ao sistema interferon. Muitas seqüências ainda precisam ser processadas para completar o genoma de Litopenaeus vannamei, contudo já há indícios de que este tenha um complexo sistema de defesa contra vírus, semelhante ao sistema interferon.
Databáze: Networked Digital Library of Theses & Dissertations
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