Sele??o eficiente de conforma??es de receptor flex?vel em simula??es de docagem molecular

Autor: Machado, Karina dos Santos
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2011
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da PUC_RSPontifícia Universidade Católica do Rio Grande do SulPUC_RS.
Druh dokumentu: Doctoral Thesis
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O desenvolvimento de f?rmacos ? um dos grandes desafios da ci?ncia atual por se tratar de um processo onde os custos e o tempo envolvido s?o elevados. Um dos problemas mais interessantes nessa ?rea ? a predi??o da conforma??o e da energia envolvida na intera??o entre ligantes e suas prote?nas-alvo ou receptores. ? nos experimentos de docagem molecular que essa intera??o ? avaliada. ? muito comum que durante a docagem molecular se fa?am simplifica??es onde o receptor ? tratado como r?gido. Por?m, prote?nas s?o inerentemente sistemas flex?veis e essa flexibilidade ? essencial para a sua fun??o. A inclus?o da flexibilidade do receptor em experimentos de docagem molecular n?o ? uma tarefa trivial, pois, para permitir mobilidade a certos ?tomos do receptor, h? um aumento exponencial do n?mero de graus de liberdade a serem considerados. H? atualmente diversas alternativas para contornar esse problema, entre elas, a que se optou neste trabalho: considerar a flexibilidade expl?cita do receptor por meio da execu??o de uma s?rie de simula??es de docagem molecular, utilizando em cada um deles uma conforma??o diferente da trajet?ria din?mica do receptor, gerada por uma simula??o por din?mica molecular (DM). Um dos maiores problemas desse m?todo ? o tempo necess?rio para execut?-lo. Sendo assim, o objetivo desse trabalho ? contribuir para a sele??o de conforma??es do receptor de forma a acelerar a execu??o de experimentos de docagem molecular com o receptor completamente flex?vel. Al?m do mais, o trabalho apresenta novas metodologias para a an?lise da intera??o receptor-ligante em simula??es de docagem deste tipo. Para alcan?ar esses objetivos, ? aplicado um processo de descoberta de conhecimento. A primeira etapa consistiu no desenvolvimento de um banco de dados para armazenar informa??es detalhadas sobre o receptor e suas conforma??es, ligantes e experimentos de docagem molecular, chamado FReDD. Com os dados organizados no FReDD, foi poss?vel a aplica??o de diferentes t?cnicas de minera??o de dados. O primeiro conjunto de experimentos foi realizado utilizando o algoritmo de classifica??o J48. O segundo conjunto de experimentos foi executado com o algoritmo de regress?o M5P, onde apesar de resultados interessantes, a utiliza??o direta para sele??o de conforma??es em futuros experimentos de docagem molecular n?o se mostrou promissora. Finalmente, foram executados os experimentos de agrupamento com 10 diferentes algoritmos, com entradas variadas. Para os algoritmos de agrupamento foram desenvolvidas diferentes fun??es de similaridade onde os resultados finais utilizados em conjunto com o padr?o de dados P-MIA permitiu a redu??o efetiva da quantidade de experimentos de docagem
Databáze: Networked Digital Library of Theses & Dissertations
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