Caracterização molecular da fibrose cística em Santa Catarina

Autor: Gonçalves, Sabrina
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2017
Předmět:
Zdroj: Repositório Institucional da UFSCUniversidade Federal de Santa CatarinaUFSC.
Druh dokumentu: Doctoral Thesis
Popis: Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Florianópolis, 2017.
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A Fibrose Cística (FC) é considerada a doença hereditária letal mais comum em populações de origem caucasiana. A doença se manifesta clinicamente com várias formas de gravidade, moduladas por diferentes genótipos e o meio ambiente. Aproximadamente 2.000 mutações já foram descritas, sendo que a frequência destas variam de população para população em função de diferenças étnicas e geográficas. Dentre as inúmeras mutações do gene CFTR, a F508del é tida como a mais frequente na população mundial (66%). Entretanto, no Brasil a frequência desta mutação é reduzida, aproximadamente 47%, e no Estado de Santa Catarina ainda é desconhecida. Neste sentido, a determinação da frequência e distribuição das mutações do gene CFTR no Estado de Santa Catarina é fundamental para poder implementar ou adaptar estratégias diagnósticas, de manejo e tratamento, das crianças e jovens catarinenses afetados pela doença. Sendo assim, o objetivo do presente estudo foi determinar o perfil mutacional do gene CFTR da população catarinense. Além disso, amostras de pacientes com diagnóstico clínico de FC foram utilizadas para padronizar e validar protocolos de reação em cadeia da polimerase (PCR) do tipo Allele Specific Oligonucleotide (ASO). Adicionalmente, seis pacientes que previamente realizaram rastreio molecular com painel de 36 mutações foram submetidos ao sequenciamento. Foram identificadas 14 mutações, responsáveis por 69% dos alelos de FC em Santa Catarina: F508del (51,33%), G542X (4,87%), R334W (2,21%), R1162X (2,21%), N1303K (2,21%), 3120+1G>A (2,21%), CFTR dele2,3 (21 kb) (0,88%), R553X (0,44%), 1717-1G>A (0,44%), 2183AA>G (0,44%), I507del (0,44%), R1066C (0,44%), W1282X (0,44%), Y1092X (0,44%). Seis mutações (F508del, G542X, R334W, R1162X, N1303K, 3120+1G>A) apresentaram frequência alélica superior a 1%, totalizando em conjunto 65,04% dos alelos caracterizados. Estas 6 mutações foram selecionadas para o rastreio molecular em 21 pacientes e representaram um excelente painel para o rastreio da FC em Santa Catarina, com um poder de detecção de 66,67%, aproximando-se ao poder de detecção de outras metodologias mais completas como painéis de mutações importados e sequenciamento gênico. A análise por painel de sequenciamento de 6 amostras de pacientes do presente estudo contribuiu para o diagnóstico definitivo da doença em 3 casos e possibilitou a identificação de um alelo mutado em um paciente. Portanto, além de ser uma técnica laboriosa e com elevado custo por análise, é inapropriada para detectar mutações raras, pois as mutações de FC não são igualmente distribuídas entre as diferentes populações. Desta forma, os resultados obtidos com a presente pesquisa, além de possibilitarem a determinação do perfil mutacional do gene CFTR na população catarinense, também foram de extrema importância para a implementação de uma nova estratégia de rastreio molecular da FC em Santa Catarina, com eficiência diagnóstica e rapidez. Tal abordagem permitirá uma contribuição diagnóstica ao teste do suor e possibilitará a criação de uma diretriz que auxilie no manejo ambulatorial e tratamento dos acometidos pela doença.
The Cystic fibrosis (CF) is considered the most common inherited lethal disease at the Caucasian population. There are various forms of severity of CF modulated by different genotypes and the environment. Approximately 2,000 mutations have already been described, the frequency of which varies from population to population due to ethnic and geographical differences. Among the many mutations of the CFTR gene, F508del is considered the most frequent in the world population (66%). However, in Brazil the frequency of this mutation is reduced, approximately 47%, and in the State of Santa Catarina it is still unknown. In this context, the determination of the frequency and distribution of CFTR gene mutations in the State of Santa Catarina is fundamental to be able to implement or adapt diagnostic, management and treatment strategies of Santa Catarina children and young people affected by the disease. Thus, the objective of the present study was to determine the mutational profile of the CFTR gene of the population of Santa Catarina. In addition, samples of patients with clinical diagnosis of CF were used to standardize and validate Allele Specific Oligonucleotide (ASO) polymerase chain reaction (PCR) protocols. In addition, 6 patients who previously performed molecular screening with a panel of 36 mutations were submitted to sequencing. Fourteen mutations, responsible for 69% of CF alleles in Santa Catarina, were identified: F508del (51.33%), G542X (4.87%), R334W (2.21%), R1162X (2.21%), N1303K (2.21%), 3120 + 1G> A (2.21%), CFTR dele2.3 (21 kb) (0.88%), R553X (0.44%), 1717-1G> 44%), 2183AA> G (0.44%), I507del (0.44%), R1066C (0.44%), W1282X (0.44%), Y1092X (0.44%). Six mutations (F508del, G542X, R334W, R1162X, N1303K, 3120 + 1G> A) presented allele frequencies higher than 1%, totaling 65.04% of the alleles. These 6 mutations were selected for molecular screening in 21 patients and represented an excellent panel for the screening of CF in Santa Catarina, with a detection power of 66.67%, approaching the power of detection of other more complete methodologies such as Panels of imported mutations and gene sequencing. Sequencing panel analysis of 6 patient samples from the present study contributed to the definitive diagnosis of the disease in 3 cases and allowed the identification of a mutated allele in a patient. Therefore, in addition to being a laborious technique and with a high cost per analysis, it is inappropriate to detect rare mutations, since the mutations of CF are not equally distributed among the different populations. In this way, the results obtained with the present project, besides making possible the determination of the mutational profile of the CFTR gene in the population of Santa Catarina, were also extremely important for the implementation of a new strategy for the molecular tracing of CF in Santa Catarina, with diagnostic efficiency and speed. Such an approach will allow a diagnostic contribution to the sweat test and will enable the creation of a guideline that assists in the outpatient management and treatment of those affected by the disease.
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