Análise molecular de rotavírus tipo G9 de crianças na Região Norte do Brasil

Autor: GUERRA, Sylvia de Fátima dos Santos
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2016
Předmět:
Zdroj: Repositório Institucional da UFPAUniversidade Federal do ParáUFPA.
Druh dokumentu: Doctoral Thesis
Popis: Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-07-25T14:03:16Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseMolecularRotavirus.pdf: 10923869 bytes, checksum: da8e1b57dee11ef6c88b67fcac9da851 (MD5)
Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-07-27T14:11:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseMolecularRotavirus.pdf: 10923869 bytes, checksum: da8e1b57dee11ef6c88b67fcac9da851 (MD5)
Made available in DSpace on 2017-07-27T14:11:32Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Tese_AnaliseMolecularRotavirus.pdf: 10923869 bytes, checksum: da8e1b57dee11ef6c88b67fcac9da851 (MD5) Previous issue date: 2016-10-31
CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior
O rotavírus do grupo A (RVA) é o principal agente viral associado às gastrenterites agudas, ocasionando cerca de 200 mil óbitos entre crianças menores de cinco anos de idade anualmente. Pertencem à família Reoviridae, gênero Rotavirus, possui RNA de dupla fita (dsRNA) com 11 segmentos codificando 12 proteínas, sendo seis estruturais (VPs) e seis não estruturais (NSPs). Cada proteína designa um genótipo específico de RVA, sendo a proteína VP7 responsável pelo genótipo G, existindo, atualmente, 32 variantes genéticas. O genótipo G9 emergiu em escala global na década de 90, período este anterior a introdução da vacina de RVA no Brasil em 2006, sendo continuamente detectado até os dias atuais. Este estudo objetivou descrever a frequência e a constelação genética associada ao genótipo G9 circulantes na região Norte do Brasil. Foram selecionadas 50 amostras coletadas de 1999 a 2013, sendo 45 G9P[8], 2 G9P[4] e 3 G9P[6], nas quais se procedeu a suspensão e extração do dsRNA para posterior amplificação e sequenciamento de nucleotídeos. Foi observado que no período pré-introdução da vacina a frequência de G9 alcançou frequência de 43%, enquanto que após a introdução da vacina, a maior frequência obtida foi 12,5% (2008 a 2010). A análise filogenética do gene VP7 demonstrou que todas as amostras agruparam na linhagem III de G9, observandose modificações aminoacídicas em sítios antigênicos quando comparadas às cepas vacinais. Tal fato foi observado também na análise do gene VP4-P[8], os quais agruparam na linhagem III de P[8], enquanto que VP4-P[4] agrupou na linhagem V e VP4-P[6] na linhagem I. Todas as amostras G9P[6] e G9P[4] foram associadas à constelação DS-1, genogrupo 2, enquanto que as amostras G9P[8] apresentaram a constelação Wa, genogrupo 1, com exceção de uma amostra que apresentou o gene NSP3 com perfil DS-1. As amostras G9 da região Norte analisadas associaram-se às constelações esperadas e descritas em outras partes do mundo, com exceção de uma amostra G9P[8] que apresentou uma reestruturação genética na proteína NSP3. O genótipo G9 pode ser considerado um tipo usual de RVA na região Norte e apesar de terem sido detectadas as mesmas linhagens circulantes no período antes e após a implantação da vacina, observou-se modificações em regiões antigênicas relevantes assim como reestruturação genetica, enfatizando a necessidade de contínua monitorização das variantes genéticas circulantes de RVA.
Group A rotavirus (RVA) is the most viral agent associated with acute gastroenteritis, responsible for about 200,000 deaths among children aged under five years annually. RVA belongs to Reoviridae family, Rotavirus genus, its genome is composed by double-stranded RNA (dsRNA) with 11 segments encoding 12 proteins, six structural (VPs) and six non-structural (NSPs). Each protein designating a specific RVA genotype, being VP7 protein responsible for G genotype and currently there are 32 genetic variants. G9 genotype emerged on a global scale in the 90s, a period before RVA vaccine introduction in Brazil that occurred in 2006, and is continuously detected until present day. This study aimed to describe the frequency and genetic constellation associated with the current G9 genotype in Northern Brazil. It was selected 50 samples collected between 1999 and 2013, being 45 G9P[8], 2 G9P[4] and 3G9P[6], for fecal suspension preparation and dsRNA extraction for further genome amplification and sequencing of nucleotides. It was observed that during pre-RVA vaccine introduction period G9 frequency rate was 43%, while after RVA vaccine introduction the most frequece obtained was 12.5% (2008 to 2010). Phylogenetic analysis of VP7 gene showed that all strains belong to lineage III of G9, observing aminoacidic substitutions in antigenic sites when compared with vaccine strains. It was demonstrated in VP4 gene that P[8] strains gathered in lineage III, whereas P[4] grouped into lineage V and P[6] strains into lineage I. All G9P[6] and G9P[4] samples were associated with DS-1 constellation, genogroup 2, while G9P[8] samples showed Wa constellation, genogroup 1, except for one sample showing NSP3 gene with DS-1 profile. G9 samples from Northern region analyzed were associated with the expected constellations described in other parts of the world, except for one G9P[8] sample that showed a genetic restructuration in NSP3 protein. In the present study the same G9 lineages have circulated during pre and post RVA vaccine introduction periods, and it was described aminoacidic substitutions in relevant antigenic regions, such as it was reported genetic restructuration phenomenon in one sample of this genotype, emphasizing the continuous monitoring of current genetic variants of RVA.
Databáze: Networked Digital Library of Theses & Dissertations
Externí odkaz: