Genômica populacional de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aurea

Autor: Vieira, Lucas Donizetti
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFGUniversidade Federal de GoiásUFG.
Druh dokumentu: masterThesis
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Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES
Population genomics studies in Neotropical species are scarce, however, they are of great importance for the understanding of the neutral and adaptive variations, in order to develop strategies of management and conservation for the species. In this context our objective was to verify the role of natural selection in the distribution of populations diversity in Handroanthus serratifolius and Tabebuia aurea. Here, we study population genomics based in sequence capture using 24,751 pre-developed probes. For H serratifolius were sampled c. 64,000 SNPs in 144 individuals from 16 populations. For T aurea were sampled c. 18,000 SNPs in 48 individuals from 6 populations. Genetic differentiation was high (FST = 0.194, p
Estudos de genômica de populações em espécies Neotropicais são escassos, no entanto, apresentam grande importância para o entendimento das variações neutras e adaptativas, a fim de desenvolver estratégias de manejo e conservação das espécies. Nesse contexto nosso objetivo foi verificar o papel da seleção natural na distribuição da diversidade de populações de Handroanthus serratifolius e Tabebuia aurea. Aqui, nós estudamos a genômica de populações baseado em sequence capture utilizando 24.751 sondas previamente desenvolvidas. Para H serratifolius foram amostrados c. 64.000 SNPs em 144 indivíduos de 16 populações. Para T aurea foram amostrados c. 18.000 SNPs em 48 indivíduos de 6 populações. A diferenciação genética foi alta (FST = 0,194, p < 0,001) em H. serratifolius e intermediária (FST = 0,144, p < 0,001) em T. aurea. O coeficiente de endogamia foi baixo nas duas espécies, no entanto, em três populações de H. serratifolius foi intermediária ou alta. A estrutura genética das populações apresentou dois grupos genéticos para as populações amostradas nas duas espécies. H. serratifolius com alta diferenciação genética e T. aurea com mistura em todas as populações. Nós não encontramos SNPs outliers na distribuição de valores de FST, devido a ampla distribuição de valores encontrada para as populações das duas espécies. Na busca por correlação entre variáveis ambientais e mudanças na frequência alélica H. serratifolius apresentou apenas três SNPs, presentes em seis genes e T. aurea apresentou 16 SNPs, presentes em 25 genes. A anotação funcional desses genes mostrou relação com processos moleculares, elementos transponíveis e um em T. aurea ligado a resistência a doenças. Concluindo, nossos dados apresentam sinal de seleção em H. serratifolius para apenas três locos com sinal de adaptação local. Em T. aurea nossos dados mostram maior número de locos (16 locos) com sinal de adaptação local.
Databáze: Networked Digital Library of Theses & Dissertations
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