Inferência de micrornas candidatos a influenciar a expressão do gene imunosupressor HLA-G

Autor: Porto, Iane de Oliveira Pires
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2014
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFGUniversidade Federal de GoiásUFG.
Druh dokumentu: masterThesis
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Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq
MicroRNAs (miRNAs) are small non-coding RNAs involved in post-transcriptional expression regulation by inducing mRNA degradation or translation inhibition. Some miRNAs are known to regulate HLA-G expression, an important immunemodulatory molecule that inhibits both Natural Killer and cytotoxic T cells through interaction with inhibitory receptors. The HLA-G is associated with maternal-fetal tolerance, tissue acceptance in transplants and the progression of tumors. The mechanisms underlying HLA-G expression control are not completely understood, however, its 3’untranslated region (3’UTR) is reported to play an important role on gene regulation influencing mRNA stability and interacting with miRNAs such as miR-148a-3p. In this study, we performed a systematic analysis of all miRNAs that are good candidates to act as HLA-G regulators. In order to determine the miRNAs with the highest potential to influence HLA-G expression, we compared the outputs of three distinct algorithms - miRanda, RNAhybrid and Pita. For this purpose, a method of miRNA inference was developed using Perl scripts to compare and filter results and a scoring system was created in order to evaluate both the binding stability of the miRNA/mRNA interaction and the miRNA specificity to its target sequence. Then, a panel of miRNAs with great potential of controlling HLA-G expression was generated.
MicroRNAs (miRNAs) são pequenos RNAs não codificantes envolvidos na regulação gênica pós-transcricional por meio da degradação da molécula de RNA mensageiro ou da inibição da tradução. Alguns miRNAs foram relatados como sendo responsáveis pela regulação da expressão do gene HLA-G, um importante imunomodulador que inibe a ação de células Natural Killer e células T citotóxicas ao interagir com receptores inibitórios. Este gene está associado à tolerância maternofetal, aceitação de tecidos após transplantes e progressão de tumores. Os mecanismos subjacentes à regulação da expressão de HLA-G não foram completamente elucidados, mas sabe-se que sua região 3’ não traduzida (3’NT) possui um papel importante na regulação gênica tanto por manter a estabilidade da molécula de mRNA quanto por interagir com miRNAs como miR-148a-3p. Neste estudo, foram inferidos miRNAs que são bons candidatos para atuarem como reguladores do gene HLA-G. Para determinar os miRNAs com o maior potencial de operarem no controle pós-transcricional dos níveis de HLA-G, comparamos os resultados de três algoritmos distintos – miRanda, RNAhybrid e Pita. Para tanto, foi desenvolvida uma estratégia de inferência de miRNAs que utiliza scripts em Perl para comparação e filtragem dos dados e um sistema de pontuação que permite avaliar tanto a estabilidade da interação miRNA/mRNA quanto a especificidade do miRNA à sua sequência alvo. Assim, um painel confiável de miRNAs com grande possibilidade de influenciar a expressão de HLA-G foi gerado considerando as regiões polimórficas e não polimórficas da região 3’NT do gene HLA-G individualmente.
Databáze: Networked Digital Library of Theses & Dissertations
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