Plant or fungal sequences? An alternative optimized PCR protocol to avoid ITS (nrDNA) misamplification

Autor: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda, Vanderlei Geraldo Martins, Antonio Furlan, Maurício Bacci Jr.
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2010
Předmět:
Zdroj: Brazilian Archives of Biology and Technology, Vol 53, Iss 1, Pp 141-152 (2010)
Druh dokumentu: article
ISSN: 1516-8913
1678-4324
DOI: 10.1590/S1516-89132010000100018
Popis: The nuclear ribosomal DNA internal transcribed spacers (ITS1 and ITS2) from leaves of Drosera (Droseraceae) were amplified using "universal" primers. The analysis of the products demonstrated most samples were a molecular mixture as a result of unsuccessful and non-specific amplifications. Among the obtained sequences, two were from Basidiomycota fungi. Homologous sequences of Basidiomycota were obtained from GenBank database and added to a data set with sequences from Drosera leaves. Parsimony analysis demonstrated that one sequence was amplified from an Ustilaginomycetes fungus, and another from a Heterobasidiomycetes. Possibly these fungi were associated to leaves of Drosera, and not because of samples contamination. In order to provide optimization and a better specificity of PCR (polymerase chain reaction), a very successful method was demonstrated using dimethyl sulfoxide (DMSO) and bovine serum albumin (BSA) in reactions.Os espaçadores internos transcritos do DNA nuclear ribossomal (ITS1 e ITS2) de folhas de Drosera (Droseraceae) foram amplificados com o emprego de iniciadores "universais". A análise demonstrou que a maior parte das amostras continha uma mistura resultante de amplificações não-específicas. Dentre as sequências de DNA obtidas, duas delas foram de fungos basidiomicetos. Sequências homólogas foram obtidas do GenBank e analisadas junto às sequências obtidas de folhas de Drosera. Através das análises filogenéticas de máxima parcimônia foi possível identificar uma seqüência como sendo de um Ustilaginomycetes e outra de Heterobasidiomycetes (Basidiomycota). Possivelmente esses organismos estavam associados às folhas de Drosera e assim não sejam resultantes de contaminação. Com o objetivo de otimizar e buscar uma melhor especificidade das reações de PCR, um protocolo bem sucedido foi demonstrado com o uso de dimetilsulfóxido (DMSO) e soroalbumina bovina (BSA).
Databáze: Directory of Open Access Journals
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