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Objetivos. Determinar la presencia de amebas de vida libre (AVL) en fuentes de agua del departamento de Lima y evaluar su capacidad patógena en ratones normales e inmunosuprimidos. Materiales y métodos. Se recolectaron muestras de agua de ríos, lagos, piscinas y pozos de Lima. El aislamiento se realizó por cultivo en agar no nutritivo al 2% con E. coli o E. aerogenes a 37 °C. Posteriormente se instiló en ratones normales e inmunosuprimidos (betametasona 1,4 mg/mL, dosis única) una suspensión con las amebas aisladas. A los 15 días se evaluaron histológicamente los daños en ambos grupos. Resultados. Se identificaron AVL en 40/83 muestras, 31,3% de las muestras se desarrollaron en los cultivos. Se aislaron 26 cepas de AVL de siete géneros (Hartmannella, Acanthamoeba, Mayorella, Naegleria, Vahlkampfia, Vannella y Saccamoeba), Acanthamoeba fue la más frecuente (44,2%). Se encontraron AVL en 53,8% de los ratones inmunosuprimidos y 15,4% de los normales (p |