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La leptospirosis es una de las zoonosis más importantes a nivel mundial, considerada una enfermedad re-emergente descuidada. En el Ecuador no existen investigaciones que permitan conocer la epidemiología de la leptospirosis en cuyes, especie de gran importancia en la alimentación de la población ecuatoriana, especialmente en sectores rurales de la región interandina; por lo que el objetivo de este estudio fue determinar la frecuencia de infección por Leptospira spp. y los factores asociados en cuyes de las parroquias Chantaco y Chuquiribamba del cantón Loja. Se estudiaron 175 animales mediante la prueba serológica de microaglutinación (MAT) y PCR convencional (gen hap1) a partir de muestras de orina. Se realizó una encuesta epidemiológica para obtener información sobre procedencia de animales, sistema de crianza, tipo de instalaciones, presencia de abortos, tipo de alimentación, suministro de agua, presencia de otros animales alrededor de las granjas y control de roedores; asimismo se registraron datos individuales de los animales como el sexo y la edad. Se estimó una frecuencia de infección de 6,86% (12/175). En la serología las muestras fueron positivas para los serovares Pomona, Hardjo, Tarassovi, Sejroe, Bataviae y Canicola. Los factores asociados (p |