Компьютерное моделирование переноса электрона между цитохромовым активным центром и активными формами кислорода и азота
| Autor: | Екатерина Александровна Попова, Андрей Валерьевич Рябых, Ольга Андреевна Маслова, Сергей Александрович Безносюк |
|---|---|
| Jazyk: | English<br />Russian |
| Rok vydání: | 2022 |
| Předmět: | |
| Zdroj: | Известия Алтайского государственного университета, Iss 4(126), Pp 48-53 (2022) |
| Druh dokumentu: | article |
| ISSN: | 1561-9443 1561-9451 |
| DOI: | 10.14258/izvasu(2022)4-07 |
| Popis: | Проведено компьютерное моделирование на уровне теории функционала плотности с применением функционала PBE и базисов группы def2-. Рассчитаны характеристики реакции переноса электрона по теории Маркуса с биорадикалов O2-, NO и NO- на активный центр цитохрома с. Получены значения энергии активации ΔG≠, матричного элемента перекрывания донорной и акцепторной молекулярных орбиталей HDA, частотный фактор переноса ket и константа скорости переноса второго порядка k. Численные значения k для трех радикалов позволяют сделать заключение об эффективности их нейтрализации путем взаимодействия с активным центром фермента. Для супероксид-иона O2- k=6,32·105 на расстоянии 5,02 Å, для монооксида азота NO k=6,96·106 на расстоянии 5,60 Å и оксоазанид-иона NO- k=4,45· 101 на расстояниях 5,60 Å и 4,45 Å. Расстояния переноса получены из кривых потенциальной энергии при сближении радикала с ионом железа. Полученные значения позволяют сделать вывод о том, что наиболее эффективно ион железа в гемовом белковом окружении способен дезактивировать супероксид-ион и монооксид азота. |
| Databáze: | Directory of Open Access Journals |
| Externí odkaz: |
|