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Introducción. Conocer la diversidad a nivel genético, químico y morfológico que existe entre individuos y poblaciones, es de gran utilidad en los programas de mejoramiento genético, ya que facilita la organización del material y la selección adecuada de genotipos superiores para el desarrollo de una población mejorada. Objetivo. El objetivo del presente trabajo fue caracterizar genética, química y agronómicamente líneas avanzadas de tomate de cáscara (Physalis ixocarpa Brot.), del programa de mejoramiento de hortalizas del Campo Experimental Bajío (CE-Bajío) del Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias (INIFAP), México. Materiales y métodos. Durante la temporada primavera-verano y otoño-invierno de 2017, se cuantificó la variabilidad genética con marcadores moleculares de ADN de tipo AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism); se determinaron los compuestos fenólicos y tomatidina en fruto, y en lo agronómico el porcentaje de germinación, número de frutos por planta, peso del fruto, diámetro ecuatorial y polar, y el rendimiento. Resultados. Se obtuvo un promedio general de similitud entre los genotipos de 0,86. De acuerdo con las relaciones genéticas, se detectaron las líneas 4 y 70 como posibles progenitores de híbridos y un patrón geográfico en los agrupamientos. La diversidad química indicó que el mayor contenido de flavonoides (51,1 mg EAG/100 g) se presentó en la L-86, de fenoles y antocianinas (396, 8 y 7,22 mg EAG/100 g, resp.) en la L-182, y de taninos (188,4 mg EAG/100 g) en la L-97, mientras que la tomatidina fue mayor en frutos verdes (2,23-3,81 mg EAG/100 g) que en morados. El intervalo de rendimiento de las líneas fue de 11,4 a 47,6 t/ha, donde el 20% de las líneas superaron la media de rendimiento nacional (40 t/ha). Se destacó la L-37 con 47,6 t/ha, que además produjo mayor número de frutos por planta, diámetro ecuatorial y polar, y una tasa de germinación de 93,3%. Conclusión. Las líneas 37, 25, 27 y 167, tienen potencial para ser validadas para uso comercial y como líneas parentales. |