آشکارسازی پاسخ به عفونت آنفلوانزای H5N1: تجزیه و تحلیل مقایسه ای شبکه های بیان ژن و مسیرهای غنی شده عملکردی در جوجه ها و اردک ها
| Autor: | ساره گل پسند, شاهرخ قوتی, زهرا پزشکیان |
|---|---|
| Jazyk: | perština |
| Rok vydání: | 2024 |
| Předmět: | |
| Zdroj: | تحقیقات تولیدات دامی, Vol 12, Iss 4, Pp 1-22 (2024) |
| Druh dokumentu: | article |
| ISSN: | 2252-0872 2538-6107 |
| DOI: | 10.22124/ar.2023.24839.1773 |
| Popis: | درک ساز و کارهای مولکولی پاسخ میزبان به عفونت H5N1 برای گسترش اقدامات کنترل موثر و کاهش خطر یک بیماری همهگیر بالقوه بسیار مهم است. هدف مطالعه حاضر، تجزیه دادههای ریزآرایه آنفلوانزای فوق حاد پرندگان H5N1 جهت مقایسه شبکه ژنی در جوجهها و اردکها بود. مجموعه داده ریزآرایه GSE33389 مشتمل بر نمونه شاهد و زیر چالش H5N1 بافت ریه جوجه و اردک با بسته GEOquery نرمافزار R دانلود شد. ژنهای با بیان متفاوت با استفاده از بسته limma در نرمافزار R شناسایی شدند و سپس، ترسیم شبکه‌های ژنی با نرم افزار Cytoscape انجام شد. ژنهای اصلی با تعاملات زیاد با افزونه Cytohubba شناسایی شدند و در نهایت، ماژول‌های اثرگذار با افزونه MCODE شناسایی شدند. تعداد 2062 و 565 ژن با بیان متفاوت بین بافت سالم و زیر چالش به ترتیب در جوجهها و اردکها شناسایی شدند (05/0P< و >2 |logFC|). نتایج تجزیه شبکه با استفاده از افزونه Cytohubba، ژنهایBUB1 ، NDC80، CDC20 را بهعنوان ژنهای هاب در جوجه و همچنین ژنهای کلیدی COL6A3، COL3A1 و PLOD2 را در اردک شناسایی نمود (05/0P |
| Databáze: | Directory of Open Access Journals |
| Externí odkaz: |
|