Análisis de variabilidad genética en Moniliophthora roreri con AP-PCR y RAPD en Antioquia, Colombia Analysis of genetic variability in Moniliophthora roreri with AP-PCR and RAPD in Antioquia, Colombia

Autor: Afanador Kafuri Lucía, Grisales Ortega Sandra Patricia
Jazyk: Spanish; Castilian
Rok vydání: 2007
Předmět:
Zdroj: Revista Colombiana de Biotecnología, Vol 9, Iss 2, Pp 15-32 (2007)
Druh dokumentu: article
ISSN: 0123-3475
1909-8758
Popis: Moniliophthora roreri es el agente causante de la moniliasis del cacao, la enfermedad más severa en las plantaciones de cacao en el departamento de Antioquia, Colombia. Los marcadores moleculares RAPD (Random Amplyfied Polymorphism of DNA) y AP-PCR (Arbitraly Primed Polymerase Chain Reaction) fueron usados para estudiar la variabilidad genética de 170 aislamientos de M. roreri colectados en doce municipios de Antioquia. El análisis dividió la población en seis grupos, el grupo G1 fue el más grande y contenía el 95% de los aislamientos con una alta similitud genética (coeficiente de similitud de 0,7 a 1), mientras los otros cinco grupos contenían solo aislamientos de Apartadó y Dabeiba con una similitud genética moderadamente baja (coeficiente de similitud entre 0,45 a 0,55). El análisis de componentes principales mostró una alta similitud genética entre la población excepto entre los aislamientos de Apartadó y Dabeiba, que registraron los más altos niveles de variabilidad genética con valores altos del índice de Shannon y el porcentaje de loci polimórficos, mientras los otros aislamientos registraron una baja variabilidad genética. Los valores de diversidad y diferenciación genética en la población muestran una introducción reciente de M. roreri en las plantaciones de cacao de Antioquia, y una reproducción predominantemente clonal en la población. De acuerdo con Amova, la mayoría de la variación genética se encontró dentro de los municipios (75,68%) con solo un 5,94% presente entre las subregiones.Moniliophthora roreri is the causal agent of moniliasis in cocoa, the most severe disease affecting cocoa plantations in the Antioquia department in Colombia. RAPD (random amplified polymorphism of DNA) and AP-PCR (arbitrarily-primed polymerase chain reaction) molecular markers were used for studying the genetic variability of 170 M. roreri isolates collected from twelve municipalities in Antioquia. Cluster analysis divided the population into six groups: the G1 group was the largest containing 95% of the isolates having high genetic similarity (0.70 to 1.0 similarity coefficients) whilst the other five groups only contained isolates from Apartado and Dabeiba having moderately low genetic similarity (0.45 to 0.55 similarity coefficients). Principal component roanalysis revealed high genetic similarity amongst populations except for isolates from Apartado and Dabeiba which registered the highest levels of genetic variability, having high Shannon’s index values and polymorphic loci percentage whilst low genetic variability was recorded for the other isolates. Genetic diversity and differentiation values in the population showed the recent introduction of M. roreri in cocoa plantations in Antioquia and predominantly clonal reproduction in the population. ANOVA revealed most genetic variation within municipalities (75.68%); only 5.94% variation was present in the sub-regions.
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