Using published pathway figures in enrichment analysis and machine learning

Autor:	Min-Gyoung Shin, Alexander R. Pico
Jazyk:	angličtina
Rok vydání:	2023
Předmět:	Pathway database Database comparison Enrichment analysis Machine learning Disease mechanism Biotechnology TP248.13-248.65 Genetics QH426-470
Zdroj:	BMC Genomics, Vol 24, Iss 1, Pp 1-13 (2023)
Druh dokumentu:	article
ISSN:	1471-2164
DOI:	10.1186/s12864-023-09816-1
Popis:	Abstract Pathway Figure OCR (PFOCR) is a novel kind of pathway database approaching the breadth and depth of Gene Ontology while providing rich, mechanistic diagrams and direct literature support. Here, we highlight the utility of PFOCR in disease research in comparison with popular pathway databases through an assessment of disease coverage and analytical applications. In addition to common pathway analysis use cases, we present two advanced case studies demonstrating unique advantages of PFOCR in terms of cancer subtype and grade prediction analyses.
Databáze:	Directory of Open Access Journals
Externí odkaz:	https://doaj.org/article/2a32d59966b440feb6469bc17b297e39 Zobrazit plný text záznamu View record in DOAJ Plný text ve formátu PDF Plný text ve formátu HTML
Nepřihlášeným uživatelům se plný text nezobrazuje	K zobrazení výsledku je třeba se přihlásit.