Desenho e validação de iniciadores microssatélites SSR para mamoneira
| Autor: | Edna Lôbo Machado, Simone Alves Silva |
|---|---|
| Jazyk: | English<br />Spanish; Castilian<br />Portuguese |
| Rok vydání: | 2013 |
| Předmět: | |
| Zdroj: | Pesquisa Agropecuária Brasileira, Vol 48, Iss 11, Pp 1457-1463 (2013) |
| Druh dokumentu: | article |
| ISSN: | 1678-3921 0100-204X |
| DOI: | 10.1590/S0100-204X2013001100006 |
| Popis: | O objetivo deste trabalho foi desenhar, validar e otimizar pares de iniciadores microssatélites SSR para mamoneira. O desenho dos pares de iniciadores foi feito por meio do aplicativo Websat, a partir de sequências depositadas no GenBank do National Center for Biotechnology Information (GenBank/NCBI), e a sua qualidade foi aferida com uso do aplicativo web NetPrimer. Foram utilizadas diferentes concentrações de DNA, cloreto de magnésio, pares de iniciadores, dNTPs e temperatura de anelamento para otimização das condições de PCR. Um total de 30 pares de iniciadores SSR foi desenhado, sintetizado e otimizado. O gel de agarose foi utilizado para detecção dos produtos amplificados, e o gel desnaturante de poliacrilamida, na otimização das condições de PCR e na identificação de polimorfismo. Os pares de iniciadores apresentaram percentagem média de guanina/citosina (GC) igual a 47,29% e produtos amplificados com tamanhos entre 128 e 381 pb. Vinte e nove pares de iniciadores SSR (96,7%) foram validados, dos quais nove foram polimórficos (23,3%). As concentrações otimizadas para amplificação são: DNA, 25 ng; cloreto de magnésio, 1,2 mmol L-1; iniciadores Forward e Reverse, 0,4 mmol L-1; dNTPs, 0,1 mmol L-1; e temperatura de anelamento, 62 a 64ºC. As ferramentas de bioinformática Websat e Net Primer podem ser utilizadas para desenvolver iniciadores microssatélites de qualidade, para a mamoneira, a partir de sequências depositadas no GenBank/NCBI. |
| Databáze: | Directory of Open Access Journals |
| Externí odkaz: |
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