Bazı Poaceae üyelerinde arpa ve buğday EST-mikrosatellit markırlarının aktarılabilirliği

Autor: SİPAHİ, HÜLYA, Aslan, Yeliz, Yumurtacı, Ayşen
Rok vydání: 2016
Předmět:
Zdroj: Volume: 1, Issue: 2 102-113
Sinop Üniversitesi Fen Bilimleri Dergisi
ISSN: 2536-4383
2564-7873
Popis: The cross species transferability of barley and wheat microsatellite markersdeveloped from expressed sequence tag (EST) libraries constructed under Fusarium infection conditions were detected among 17 species including 8from Aegilops, 6 from Triticum, Zea mays, Avena sativa, Oryzasativa.Transferability rates of barleymicrosatellite primer pairs ranged from 29% to 100%. A maximum of 100%cross-genera transferability noticed with Avena followed by Zea (92%),Triticum (83%), Aegilops (68%), and Oryza (8%). Primerpairs were highly transferable within species of Triticum (100% in T.turgidum durum durum, 92% in T. turgidum durum dicoccon and T.monococcum aegilopoides, 83% in T.timopheevii timopheevii and T.turgidum dicoccoides, 67% in T. timopheevii armeniacum). Only oneprimer pairs (contig624) showed100 % cross-species/genera amplification in all materials studied. Considering wheat microsatellites, the microsatelliteprimer pairs were highly transferable within species of Triticum (rangedfrom %100 to %70) and but low transferable in the allied cereals (15% inAvena, 50% in Oryza, 45% in Zea, 60% in Hordeum). Twoprimer pairs have shown transferability only in some Triticum species,while two others showed amplication only in species of Aegilops and Triticum.Only one primer pairs showed 100 % cross-species/genera amplification in allmaterials studied.This highercross-species transferability of EST microsatellite markers indicated a highlevel of conservation of DNA sequences belonging to the transcribed region ofthe genome and its suitability in comparative genome mapping, genetic diversityand phylogenetics analysis.
Fusariım enfeksiyon koşulları altında oluşturulmuş eksprese olandizi (EST) kütüphanelerinden geliştirilen arpa ve buğday mikrosatellitmarkırlarının türler/cinsler arası aktarılabilirlikleri, 8 Aegilops, 6 Triticum türü ile,Zea mays, Avena sativa veOryza sativa ‘yı içeren 17 türde belirlenmiştir. Arpa mikrosatellit primerleriiçin aktarılabilirlik oranı %29 ila %100 arasında değişmiştir. Cinsler arası enyüksek (%100) aktarılabilirlik Avenada not edilmiş, bunu Zea (%92) , Triticum (%83),Aegilops (68%) ve Oryza (%8) takip etmiştir. Primer çiftleri, Triticum türleri içerinde oldukçayüksek aktarılabilirdir (T. turgidum durum durum da %100, T. turgidumdurum dicoccon ve T. monococcum aegilopoides da %92,T.timopheeviitimopheevii ve T. turgidum dicoccoides de %83, T. timopheevii armeniacumda %67). Yalnızca bir primerçifti (contig624) çalışılan tüm materyallerde, %100 tür/cinsler arasıçoğaltım göstermiştir. Buğday mikrosatellitlerideğerlendirildiğinde, mikrosatellit primer çiftleri Triticum türleri içindeoldukça aktarılabilirdir (%70 ila %100 arasında) ancak akraba tahıllarda düşükaktarılabilirdir (Avena da 15%, Oryza da 50%, Zea da 45%, Hordeumda 60%). İki primer çifti yalnızca bazı Triticum türlerindeaktarılabilirlik göstermişken, diğer iki primer çifti sadece Aegilops veTriticum türlerinde çoğaltım göstermiştir.EST mikrosatellitemarkırlarının bu yüksek tür/cinsler arası aktarılabilirliği, genomun ifadeedilen bölgesine ait DNA diziliminin yüksek derecede korunduğunu ve bunlarınkarşılaştırılmalı genom haritalamalarında, genetik çeşitlilikte ve filogenetikanalizlerde uygunluklarını göstermektedir.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: