CORONAVIRUS DISEASECOVID-19: NEW POSSIBILITIES OF DIAGNOSIS

Jazyk: ukrajinština
Rok vydání: 2022
Předmět:
Zdroj: Clinical and experimental pathology; Vol. 21 No. 1 (2022)
Клиническая и экспериментальная патология; Том 21 № 1 (2022)
Клінічна та експериментальна патологія; Том 21 № 1 (2022)
ISSN: 1727-4338
2521-1153
Popis: The аim of research – to determinine the diagnostic expediency of using lung condensateas a bioenvironment for the detection of SARS-CoV-2 virus in children with coronavirusdisease COVID-19.Materials and methods. The study was conducted on the basis of infectious diseasesdepartments of the Chernivtsi Children’s Regional Clinical Hospital during December2021 to January 2022. Verifi cation of coronavirus disease COVID-19 was performed bypolymerase chain reaction with reverse transcriptase (set COVID-19 Multiplex RT-PCRin real time regime from Labsystems Diagnostics Oy) with simultaneous detection of threemajor genes ORF1ab, nucleus (E) and envelope (E). The material for the study werenasopharyngeal swabs and pulmonary expiratory. Results. We examined 32 hospitalized children diagnosed with COVID-19 with a meanage of 10,43 ± 0,72 (min = 3, max = 17). The share of boys was 34,4%, girls – 64,6%(p = 0,05), which indicates the practical absence of diff erences in gender. Biomaterialcollection – nasopharyngeal swabs and pulmonary expiration were performed on 6,71± 0,58 (min = 2, max = 16) day of the disease. SARS-CoV-2 virus RNA was detected in46,8% of patients, which almost coincided with the PCR results of 40,62% (p> 0,05).Estimating viral load, the mean value of cycles for PCR of nasopharyngeal smear was30,86 ± 1,39, and for pulmonary expiration – 32,39 ± 1,26. Taking into account theaverage values, depending on the detected gene, it was found that the number of cyclesfor the smear gene E constituted 30,06 ± 1,37 (min = 19, max = 38), the N gene – 30,93 ±1,33 (min = 20, max = 38) for the ORF1ab gene 31,6 ± 1,48 (min = 20, max = 40). Thenumber of cycles for the condensate gene E is 32,6 ± 1,24 (min = 25, max = 38); geneN – 33,36 ± 1,09 (min = 28, max = 39), for ORF1ab – 34,08 ± 1,06 (min = 28, max = 39).The results of the correlation analysis of paraclinical examination of children hospitalizedfor coronavirus disease COVID-19 showed that the use of PCR smear test, comparedwith Ig M, increased the risk of infection with a chance ratio (OR) of 2,27 (95% CI1,26-4,08), relative risk (RR) 1,47 (95% CI 1,01-2,15), absolute risk (R) 0,20. Whenreceiving a positive test result, the post-test probability of a positive result increased12,8%, with a negative one – the result decreased 7,5%. Estimating viral load for geneE, OR = 2,8 (95% CI 1,58-4,98), RR = 1,66 (95% CI 1,22-2,28), R = 0,25, for genes N,ORF1ab OR = 3,2 (95% CI 1,79-5,71), RR = 1,77 (95% CI 1,29-2,44), R = 0,28.Conclusions. At comparative analysis of PCR, performed in diff erentbioenvironmentsof children, the obtainedresults are evidence of better specifi city in the detection of thepathogen when using a traditional smear of the nasopharyngeal mucosa compared withthe use of pulmonary expiratory. However, the study of exhaled condensate can be usedto reduce the isolation time of patients.
Мета роботи – визначити діагностичну доцільність використання конденсатулегеневого експірату в якості біосередовища по виявленню вірусу SARS-CoV-2у хворих дітей коронавірусною хворобою COVID-19.Матеріали та методи. Дослідження проводили на базі інфекційних відділень ОКНП«Чернівецька дитяча обласна клінічна лікарня» згрудня 2021 року по січень 2022 року.Верифікація коронавірусної хвороби COVID-19 відбувалась методом полімеразноїланцюгової реакції (ПЛР) зі зворотною транскриптазою (набір COVID-19 MultiplexRT-PCR у режимі реального часу від Labsystems DiagnosticsOy) з одночаснимвиявленням трьох основних генів ORF1ab, оболонки (Е) та нуклеокапсиду (N).Матеріалом для дослідження були мазки з носоглотки та легеневий експірат.Результати. Ми обстежили 32 дітей, госпіталізованих із діагнозом COVID-19,середній вік яких становив 10,43±0,72 (min=3, max=17). Питома частка хлопчиківсклала 34,4%, дівчаток – 64,6% (p=0,05), що свідчить про практичну відсутністьвідмінностей за статевою ознакою. Забір біоматеріалу – мазки з носоглоткита легеневий експірат, проводили на 6,71±0,58 (min=2, max=16) день захворювання.У 46,8% пацієнтів було виявлено РНК вірусу SARS-CoV-2, що практично збігалосяз результатами ПЛР легеневого експірату 40,62% (p˃0,05). Оцінюючи вірусненавантаження, середнє значення циклів для ПЛР-мазка з носоглотки становило30,86±1,39, а для легеневого експірату – 32,39±1,26. Враховуючи середні показники,залежно від виявленого гену, встановлено, що кількість циклів для гену Е мазкастановила 30,06±1,37 (min=19, max=38), гену N– 30,93±1,33 (min=20, max=38), генуORF1ab – 31,6±1,48 (min=20, max=40). Кількість циклів для гену Е конденсату –32,6±1,24 (min=25, max=38); гену N – 33,36±1,09 (min=28, max=39), для ORF1ab –34,08±1,06 (min=28, max=39).Результати кореляційного аналізу показників параклінічного обстеження дітей,госпіталізованих через коронавірусну хворобу COVID-19, показали зростанняризику інфікування з показниками співвідношення шансів (OR) 2,27 (95% ДІ1,26-4,08), відносним ризиком (RR) 1,47 (95% ДІ 1,01-2,15), абсолютним ризиком(R) 0,20 при використанні ПЛР тесту мазка, порівняно з визначенням Ig M. Приотриманні позитивного результату тесту зростала посттестова імовірністьвиявлення Ig M на 12,8%, при негативному – результат зменшувався на 7,5%.Вірусне навантаження становило: для гену Е OR=2,8 (95%ДІ 1,58-4,98), RR=1,66(95%ДІ 1,22-2,28), R=0,25, для генів N, ORF1ab OR=3,2 (95%ДІ 1,79-5,71), RR=1,77(95%ДІ 1,29-2,44), R=0,28.Висновки. 1. При порівняльному аналізі результатів ПЛР, проведених у різнихбіосередовищах дітей, отримано дані, які свідчать про вищу специфічністьу виявленні збудника традиційного мазку зі слизової носоглотки порівняноз використанням легеневого експірату.2. Дослідження конденсату видихуваного повітря може бути використано з метоюскорочення терміну ізоляції пацієнтів.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: