Toward universal forward genetics:Using a draft genome sequence of the nematode oscheius tipulae to identify mutations affecting vulva development
| Autor: | Besnard, Fabrice, Koutsovoulos, Georgios, Dieudonné, Sana, Blaxter, Mark, Félix, Marie-Anne |
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| Přispěvatelé: | Reproduction et développement des plantes (RDP), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon), Institut de biologie de l'ENS Paris (IBENS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Département de Biologie - ENS Paris, École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université Paris sciences et lettres (PSL), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Institute of Evolutionary Biology, Pole Scientifique de Modelisation Numerique computing center of Ecole Normale Superieure de Lyon, Biotechnological and Biological Sciences Research Council Ph.D. studentship, Agence Nationale de la Recherche [ANR12- BSV2-0004-01], [ANR10-LABX-54 MEMOLIFE], Bettencourt Schueller Foundation, European Molecular Biology Organization [ASTF 491-2014], National Institutes of Health Office of Research Infrastructure Programs [P40 OD-010440], École normale supérieure - Lyon (ENS Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), Université de Lyon-Université de Lyon-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institut de biologie de l'ENS Paris (UMR 8197/1024) (IBENS), Département de Biologie - ENS Paris, Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-École normale supérieure - Paris (ENS Paris)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Paris Sciences et Lettres (PSL), École normale supérieure de Lyon (ENS de Lyon)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Claude Bernard Lyon 1 (UCBL), École normale supérieure - Paris (ENS-PSL), Université Paris sciences et lettres (PSL)-Université Paris sciences et lettres (PSL)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-École normale supérieure - Paris (ENS-PSL) |
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2017 |
| Předmět: |
Genome
Helminth Genome assembly Nematoda mig-13 Vulva development [SDV]Life Sciences [q-bio] Methods Technology and Resources Oscheius tipulae Helminth Proteins Investigations Vulva vulva development Contig Mapping caenorhabditis elegans mapping-by-sequencing Mapping-by-sequencing Mutation cartographie du génome genome assembly Genetics Animals Female Mig-13 |
| Zdroj: | Besnard, F, Koutsovoulos, G, Dieudonné, S, Blaxter, M & Félix, M A 2017, ' Toward universal forward genetics : Using a draft genome sequence of the nematode oscheius tipulae to identify mutations affecting vulva development ', Genetics, vol. 206, no. 4, pp. 1747-1761 . https://doi.org/10.1534/genetics.117.203521 Genetics Genetics, Genetics Society of America, 2017, 206 (4), pp.1747-1761. ⟨10.1534/genetics.117.203521⟩ Genetics, 2017, 206 (4), pp.1747-1761. ⟨10.1534/genetics.117.203521⟩ |
| ISSN: | 0016-6731 |
| DOI: | 10.1534/genetics.117.203521 |
| Popis: | Understanding evolution requires the comparison of more than a few model species, and exploration of the genotype/phenotype relationship is limited... Mapping-by-sequencing has become a standard method to map and identify phenotype-causing mutations in model species. Here, we show that a fragmented draft assembly is sufficient to perform mapping-by-sequencing in nonmodel species. We generated a draft assembly and annotation of the genome of the free-living nematode Oscheius tipulae, a distant relative of the model Caenorhabditis elegans. We used this draft to identify the likely causative mutations at the O. tipulae cov-3 locus, which affect vulval development. The cov-3 locus encodes the O. tipulae ortholog of C. elegans mig-13, and we further show that Cel-mig-13 mutants also have an unsuspected vulval-development phenotype. In a virtuous circle, we were able to use the linkage information collected during mutant mapping to improve the genome assembly. These results showcase the promise of genome-enabled forward genetics in nonmodel species. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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