Long-fragment targeted capture for long-read sequencing of plastomes

Autor: Bethune, Kevin, Mariac, Cédric, Couderc, Marie, Scarcelli, Nora, Santoni, Sylvain, Ardisson, Morgane, Martin, Jean-François, Montúfar, Rommel, Klein, Valentin, Sabot, Francois, Vigouroux, Yves, Couvreur, Thomas L. R.
Přispěvatelé: Diversité, adaptation, développement des plantes (UMR DIADE), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Université de Montpellier (UM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud]), Institut de Recherche pour le Développement (IRD), Amélioration génétique et adaptation des plantes méditerranéennes et tropicales (UMR AGAP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro), Centre de Biologie pour la Gestion des Populations (UMR CBGP), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Centre international d'études supérieures en sciences agronomiques (Montpellier SupAgro)-Université de Montpellier (UM)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD [France-Sud])-Institut national d’études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro), Pontificia Universidad Católica del Ecuador, ANR (the French National Research agency) under the 'Investissement d'Avenir' program : ANR-10-LABX-001-01 Labex Agro, ANR-10-LABX-0001,AGRO,Agricultural Sciences for sustainable Development(2010)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2019
Předmět:
Zdroj: Applications in Plant Sciences
Applications in Plant Sciences, Wiley, 2019, 7 (5), pp.e1243. ⟨10.1002/aps3.1243⟩
Applications in Plant Sciences 5 (7), . (2019)
Applications in Plant Sciences, 2019, 7 (5), pp.e1243. ⟨10.1002/aps3.1243⟩
ISSN: 2168-0450
Popis: International audience; Premise Third-generation sequencing methods generate significantly longer reads than those produced using alternative sequencing methods. This provides increased possibilities for the study of biodiversity, phylogeography, and population genetics. We developed a protocol for in-solution enrichment hybridization capture of long DNA fragments applicable to complete plastid genomes. Methods and Results The protocol uses cost-effective in-house probes developed via long-range PCR and was used in six non-model monocot species (Poaceae: African rice, pearl millet, fonio; and three palm species). DNA was extracted from fresh and silica gel-dried leaves. Our protocol successfully captured long-read plastome fragments (3151 bp median on average), with an enrichment rate ranging from 15% to 98%. DNA extracted from silica gel-dried leaves led to low-quality plastome assemblies when compared to DNA extracted from fresh tissue. Conclusions Our protocol could also be generalized to capture long sequences from specific nuclear fragments.
Databáze: OpenAIRE
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