Virion-associated nucleic acid-based metagenomics: a decade of advances in molecular characterization of plant viruses

Autor: Moubset, Oumaima, François, Sarah, Maclot, François, Palanga, Essowé, Julian, Charlotte, Claude, Lisa, Fernandez, Emmanuel, Rott, Philippe, Daugrois, Jean-Heinrich, Antoine-Lorquin, Aymeric, Bernardo, Pauline, Blouin, Arnaud G., Temple, Coline, Kraberger, Simona, Fontenele, Rafaela S, Harkins, Gordon William, Ma, Yuxin, Marais, Armelle, Candresse, Thierry, Ben Chehida, Sélim, Lefeuvre, Pierre, Lett, Jean-Michel, Varsani, Arvind, Massart, Sébastien, Ogliastro, Mylène, Martin, Darren Patrick, Filloux, Denis, Roumagnac, Philippe
Přispěvatelé: Plant Health Institute of Montpellier (UMR PHIM), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Institut Agro Montpellier, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Université de Montpellier (UM), Département Systèmes Biologiques (Cirad-BIOS), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad), University of Oxford, Gembloux Agro-Bio Tech [Gembloux], Université de Liège, Institut Togolais de Recherche Agronomique (ITRA), Diversité, Génomes & Interactions Microorganismes - Insectes [Montpellier] (DGIMI), Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE)-Université de Montpellier (UM), Enza Zaden, Agroscope, Arizona State University [Tempe] (ASU), University of the Western Cape (UWC), Biologie du fruit et pathologie (BFP), Université de Bordeaux (UB)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), Peuplements végétaux et bioagresseurs en milieu tropical (UMR PVBMT), Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement (Cirad)-Institut de Recherche pour le Développement (IRD)-Université de La Réunion (UR)-Institut National de Recherche pour l’Agriculture, l’Alimentation et l’Environnement (INRAE), University of Cape Town, European Union (ERDF, contract GURDT I2016-1731-0006632), Conseil Régional de La Réunion, project SEVIPLANT from Federal Public 17 Service, Public Health, Belgium, Grant Agreement no. RT 18/3, ANR-19-CE35-0008,PHYTOVIRUS,Mesure et cartographie de la richesse des virus des plante à l'échelle de l'écosytème(2019), European Project: 813542,INEXTVIR
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2022
Předmět:
Zdroj: Phytopathology
Phytopathology, 2022, 112 (11), pp.2253-2272. ⟨10.1094/PHYTO-03-22-0096-RVW⟩
ISSN: 0031-949X
DOI: 10.1094/PHYTO-03-22-0096-RVW⟩
Popis: Over the last decade, viral metagenomic studies have resulted in the discovery of thousands of previously unknown viruses. These studies are likely to play a pivotal role in obtaining an accurate and robust understanding of how viruses affect the stability and productivity of ecosystems. Among the metagenomics-based approaches that have been developed since the beginning of the 21st century, shotgun metagenomics applied specifically to virion-associated nucleic acids (VANA) has been used to disentangle the diversity of the viral world. We summarize herein the results of 24 VANA-based studies, focusing on plant and insect samples conducted over the last decade (2010 to 2020). Collectively, viruses from 85 different families were reliably detected in these studies, including capsidless RNA viruses that replicate in fungi, oomycetes, and plants. Finally, strengths and weaknesses of the VANA approach are summarized and perspectives of applications in detection, epidemiological surveillance, environmental monitoring, and ecology of plant viruses are provided. [Formula: see text] Copyright © 2022 The Author(s). This is an open access article distributed under the CC BY-NC-ND 4.0 International license.
Databáze: OpenAIRE
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