Development of digital PCR molecular tests for clinical practice: principles, practical implementation and recommendations

Autor: Denis, Jérôme Alexandre, Nectoux, Juliette, Lamy, Pierre-Jean, Rouillac Le Sciellour, Christelle, Guermouche, Hélène, Alary, Anne-Sophie, Kosmider, Olivier, Sarafan-Vasseur, Nasrin, Jovelet, Cécile, Busser, Benoit, Nizard, Philippe, Taly, Valérie, Fina, Frédéric
Přispěvatelé: Centre de Recherche Saint-Antoine (CR Saint-Antoine), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Sorbonne Université (SU), Service de Génétique et Biologie Moléculaires [CHU Cochin], CHU Cochin [AP-HP], Institut d’analyse génomique-imagenome [Montpellier] (Labosud), Fédération de génétique [CHI de Poissy-Saint-Germain en Laye], centre hospitalier intercommunal de Poissy/Saint-Germain-en-Laye - CHIPS [Poissy], Service d'immunologie et hématologies biologiques [Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-Sorbonne Université (SU)-CHU Saint-Antoine [APHP], Service d‘hématologie biologique [CHU Cochin], Génomique et Médecine Personnalisée du Cancer et des Maladies Neuropsychiatriques (GPMCND), Université de Rouen Normandie (UNIROUEN), Normandie Université (NU)-Normandie Université (NU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Analyse moléculaire, modélisation et imagerie de la maladie cancéreuse (AMMICa), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Institute for Advanced Biosciences / Institut pour l'Avancée des Biosciences (Grenoble) (IAB), Centre Hospitalier Universitaire [Grenoble] (CHU)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Etablissement français du sang - Auvergne-Rhône-Alpes (EFS)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes (UGA), Médecine Personnalisée, Pharmacogénomique, Optimisation Thérapeutique (MEPPOT - U1147), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Service d'Anatomie Pathologique et de Neuropathologie [Hôpital de la Timone - CHU - APHM], Assistance Publique - Hôpitaux de Marseille (APHM)- Hôpital de la Timone [CHU - APHM] (TIMONE), ID Solutions [Grabels, France], Institut des cellules souches pour le traitement et l'étude des maladies monogéniques (I-STEM), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Généthon, Service de biochimie et de génétique moléculaire [CHU Cochin], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Hôpital Cochin [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP), Institut de Recherche en Cancérologie de Montpellier (IRCM - U1194 Inserm - UM), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Centre hospitalier intercommunal de Poissy/Saint-Germain-en-Laye - CHIPS [Poissy], CHU Saint-Antoine [AP-HP], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre Hospitalier Régional Universitaire [Montpellier] (CHRU Montpellier), Institut Cochin (IC UM3 (UMR 8104 / U1016)), Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Laboratoire de recherche translationnelle (Labo RT), Immunologie des tumeurs et immunothérapie (UMR 1015), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), UF Cancérologie biologique et biothérapie, CHU Grenoble, Aix-Marseille Université - Faculté de médecine (AMU MED), Aix Marseille Université (AMU), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Généthon-Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE), Institut de recherche en cancérologie de Montpellier (IRCM - U896 Inserm - UM1), Université Montpellier 1 (UM1)-CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université de Montpellier (UM), Service d'immunologie et hématologies biologiques [CHU Saint-Antoine], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU)-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (AP-HP)-Sorbonne Université (SU), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris Descartes - Paris 5 (UPD5)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), Université d'Évry-Val-d'Essonne (UEVE)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM), CHU Cochin [AP-HP]-Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP), CRLCC Val d'Aurelle - Paul Lamarque-Université de Montpellier (UM)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Montpellier 1 (UM1), Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Paris-Sud - Paris 11 (UP11)-Institut Gustave Roussy (IGR)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: Ann. Biol. Clin. (Paris).
Ann. Biol. Clin. (Paris)., 2018
Annales de Biologie Clinique
Annales de Biologie Clinique, 2018, 76 (5), pp.505-523. ⟨10.1684/abc.2018.1372⟩
Annales de Biologie Clinique, John Libbey Eurotext, 2018, 76 (5), pp.505-523. ⟨10.1684/abc.2018.1372⟩
ISSN: 0003-3898
DOI: 10.1684/abc.2018.1372⟩
Popis: International audience; Digital PCR (dPCR) is a 3rd generation technology that complements traditional end-point PCR and real-time PCR. It was developed to overcome certain limitations of conventional amplification techniques, in particular for the detection of small amounts of nucleic acids and/or rare variants. This technology is in a full swing because of its high sensitivity and major applications in various domains such as oncology, transplantation or non-invasive prenatal testing. Consequently, PCRd also has great interest in many areas of medical biology, particularly for clinical applications aiming at detecting and quantifying specific genetic or epigenetic alterations of nucleic acids, even with specimens containing very low concentration of the nucleic acids of interest (e.g. liquid biopsies). However, this technique requires a good training of users and compliance with certain precautions. A lack in such a knowledge can lead to many errors in the conduct of the experiment and the interpretation of the results. In this review, we present the context in which this technology has emerged by describing in particular its principle and the main factors that can influence the quality of the analysis. Then, we propose a number of practical recommendations for the implementation of a test based on dPCR in clinical laboratories with an eye on quality requirements.
Databáze: OpenAIRE
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