Diversity and evolution of the emerging $Pandoraviridae$ family

Autor: Legendre, Matthieu, Fabre, Elisabeth, Poirot, Olivier, Jeudy, Sandra, Lartigue, Audrey, Alempic, Jean-Marie, Beucher, Laure, Philippe, Nadège, Bertaux, Lionel, Christo-Foroux, Eugène, Labadie, Karine, Couté, Yohann, Abergel, Chantal, Claverie, Jean-Michel
Přispěvatelé: Information génomique et structurale (IGS), Aix Marseille Université (AMU)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Université de Bordeaux (UB), Institut de Biosciences et de Biotechnologies de Grenoble (ex-IRTSV) (BIG), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Genoscope - Centre national de séquençage [Evry] (GENOSCOPE), Université Paris-Saclay-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), This work was partially supported by the French National Research Agency (ANR-14-CE14-0023-01), France Genomique (ANR-10-INSB-01-01), Institut Français de Bioinformatique (ANR–11–INSB–0013), the Fondation Bettencourt-Schueller (OTP51251), by a DGA-MRIS scholarship, and by the Provence-Alpes-Côte-d’Azur région (2010 12125)., ANR-10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), ANR-10-LABX-0049,GRAL,Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology(2010), Service de génétique et embryologie médicales [CHU Trousseau], Assistance publique - Hôpitaux de Paris (AP-HP) (APHP)-CHU Trousseau [APHP], Etude de la dynamique des protéomes (EDyP), Laboratoire de Biologie à Grande Échelle (BGE - UMR S1038), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Direction de Recherche Fondamentale (CEA) (DRF (CEA)), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Université Grenoble Alpes (UGA)-Institut de Recherche Interdisciplinaire de Grenoble (IRIG), Laboratoire Adaptation et pathogénie des micro-organismes [Grenoble] (LAPM), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS), Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Grenoble Alpes [2016-2019] (UGA [2016-2019]), Institut National de la Santé et de la Recherche Médicale (INSERM)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA)-Université Joseph Fourier - Grenoble 1 (UJF)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-Université Grenoble Alpes (UGA), ANR-10-INBS-08-01/10-INBS-0008,ProFI,Infrastructure Française de Protéomique(2010), ANR-10-LABX-49-01,Labex GRAL, Université Grenoble Alpes (UGA)-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Commissariat à l'énergie atomique et aux énergies alternatives (CEA), Équipe Services et Architectures pour Réseaux Avancés (LAAS-SARA), Laboratoire d'analyse et d'architecture des systèmes [Toulouse] (LAAS), Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UPS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Institut National des Sciences Appliquées - Toulouse (INSA Toulouse), Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National des Sciences Appliquées (INSA)-Institut National Polytechnique (Toulouse) (Toulouse INP), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées-Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS)-Université Toulouse III - Paul Sabatier (UPS), Université Fédérale Toulouse Midi-Pyrénées, Poirot, Olivier, Infrastructure Française de Protéomique - - ProFI2010 - ANR-10-INBS-0008 - INBS - VALID, Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology - - GRAL2010 - ANR-10-LABX-0049 - LABX - VALID
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2018
Předmět:
Zdroj: Nature Communications
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, 9, pp.2285. ⟨10.1038/s41467-018-04698-4⟩
Nature Communications, Nature Publishing Group, 2018, 9 (1), ⟨10.1038/s41467-018-04698-4⟩
Nature Communications, 2018, 9, pp.2285. ⟨10.1038/s41467-018-04698-4⟩
Nature Communications, Vol 9, Iss 1, Pp 1-12 (2018)
ISSN: 2041-1723
Popis: With DNA genomes reaching 2.5 Mb packed in particles of bacterium-like shape and dimension, the first two Acanthamoeba-infecting pandoraviruses remained up to now the most complex viruses since their discovery in 2013. Our isolation of three new strains from distant locations and environments is now used to perform the first comparative genomics analysis of the emerging worldwide-distributed Pandoraviridae family. Thorough annotation of the genomes combining transcriptomic, proteomic, and bioinformatic analyses reveals many non-coding transcripts and significantly reduces the former set of predicted protein-coding genes. Here we show that the pandoraviruses exhibit an open pan-genome, the enormous size of which is not adequately explained by gene duplications or horizontal transfers. As most of the strain-specific genes have no extant homolog and exhibit statistical features comparable to intergenic regions, we suggest that de novo gene creation could contribute to the evolution of the giant pandoravirus genomes.
Giant viruses are visible by light microscopy and have unusually long genomes. Here, the authors report three new members of the Pandoraviridae family and investigate their evolution and diversity.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: