Predicción fisicoquímicas, modelado y análisis mecanismo de interacción de la quitinasa Mo-chi1, un poli-β-(1-4)-N-acetil-D-glucosamina [Moringa oleifera, LAM.]: Un enfoque in silico
| Autor: | Bezerra, Lara Cristhian Costa, Queiroz, Evaristo Wagner Alves de, Freire, José Ednésio da Cruz |
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| Jazyk: | portugalština |
| Rok vydání: | 2018 |
| Zdroj: | DESAFIOS-Revista Interdisciplinar da Universidade Federal do Tocantins; Vol. 5 No. 1 (2018); 111-120 DESAFIOS; Vol. 5 Núm. 1 (2018); 111-120 DESAFIOS-Revista Interdisciplinar da Universidade Federal do Tocantins; v. 5 n. 1 (2018); 111-120 |
| ISSN: | 2359-3652 |
| DOI: | 10.20873/uft.2359-3652.2018vol5n1 |
| Popis: | Chitinases are enzymes capable of hydrolyzing β-(1,4) bonds between N-acetyl-β-D-glucosamine residues (GlcNAc), present in several organisms.To elucidate the physicochemical properties of Mo-chi1 identified in the Moringa oleifera plant using in silico tools. After searching the Chinese Herbal Plant Genome Database, the sequence (ID: 10006495) was analyzed for signal peptide, physicochemical properties, sulfide bridges, domains, secondary structures, modeling. The mode of interaction between Mo-chi1 and chitin was predicted with the AutoDock Vina program. Mo-chi1 possesses signal peptide with 19 amino acids in length (cleaved: Ala19 and Ile20), forming mature polypeptide of 379 residues. The mature has Mr = 39.56 kDa, pI = 5.44, II = 35.61 and GRAVY = -0.135. It has a sulfide bridge (5Cys-Cys398). Belong to the GH18 family with E-value of 7.43e-153 (CDD) and 2.3e-90 (SMART). It has a predominance of β-sheet (16.85-37%), followed by α-Helix (23.3-30.34%) and loops (39.5-52.81%). The molecular docking study showed favorable energy for the interaction between Mo-chi1 and GlcNAc with E-value = -5.9 kcal.mol-1. Although Mo-chi1 showed similar physicochemical properties to other GH18 chitinases, more refined studies are needed to identify its true potential. Las quitinasas son enzimas capaces de hidrolizar enlaces β-(1,4) entre residuos de N-acetil-β-D-glucosamina (GlcNAc), presentes en varios organismos. Conocer las propiedades fisicoquímicas de Mo-chi1 identificadas en la planta de Moringa oleifera utilizando herramientas in silico. Después de buscar en la base de datos del genoma chino de plantas herbales, se analizó la secuencia (ID: 10006495) para péptido señal, propiedades fisicoquímicas, puentes de sulfuro, dominios, estructuras secundarias, modelado. El modo de interacción entre Mo-chi1 y quitina se predijo con el programa AutoDock Vina. Mo-chi1 posee péptido señal con 19 aminoácidos de longitud (escindido: Ala19 e Ile20), formando un polipéptido maduro de 379 residuos. El maduro tiene Mr = 39.56 kDa, pI = 5.44, II = 35.61 y GRAVY = -0.135. Tiene un puente de sulfuro (5Cys-Cys398). Pertenecen a la familia GH18 con un valor E de 7.43e-153 (CDD) y 2.3e-90 (SMART). Tiene un predominio de β-sheet (16.85-37%), seguido de α-Helix (23.3-30.34%) y loops (39.5-52.81%). El estudio de acoplamiento molecular mostró energía favorable para la interacción entre Mo-chi1 y GlcNAc con un valor E = -5.9 kcal.mol-1. Aunque Mo-chi1 mostró propiedades fisicoquímicas similares a otras quitinasas GH18, se necesitan estudios más refinados para identificar su verdadero potencial. Quitinases são enzimas capazes de hidrolisar ligações β-(1,4) entre os resíduos de N-acetil-β-D-glucosamina (GlcNAc), presente em diversos organismos. Elucidar as propriedades físico-químicas da Mo-chi1 identificada na planta Moringa oleifera empregando ferramentas in silico. Após busca no Chinese Herbal Plant Genome Database, a sequência (ID: 10006495) foi analisada quanto ao peptídeo sinal, propriedades físico-químicas, pontes de sulfeto, domínios, estruturas secundárias, modelagem. O modo de interação entre Mo-chi1 e quitina foi predito com o programa AutoDock Vina. A Mo-chi1 possui peptídeo sinal com 19 aminoácidos de comprimento (clivado: Ala19 e Ile20), formando polipeptídio maduro de 379 resíduos. A madura possui Mr = 39,56 kDa, pI = 5.44, II = 35.61 e GRAVY = -0.135. Possui uma ponte de sulfeto (5Cys-Cys398). Pertencer à família das GH18 com E-value de 7.43e-153 (CDD) e de 2.3e-90 (SMART). Detém predominância de β-folha (16,85–37%), seguidas de α-Helix (23,3–30,34%) e alças (39,5–52,81%). O estudo de docking molecular mostrou energia favorável a interação entre Mo-chi1 e GlcNAc com E-valor = -5.9 kcal.mol-1. Embora a Mo-chi1 tenha apresentado propriedades físico-químicas semelhantes a outras quitinases GH18, são necessários estudos mais refinados a fim de identificar seu real potencial. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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