| Popis: |
Hintergrund: Eine Vielzahl an verschiedenen DNA-Extraktionsmethoden wird angeboten bei ihrer Reproduzierbarkeit kommen sie jedoch an ihre Grenzen. Nicht nur die große Diversität an Mikroorganismen, sondern auch andere Aspekte, wie verschiedene Zell-Lyse Methoden können die DNA-Ausbeute beeinflussen. Das Hinzufügen eines Referenzmaterials zu Proben vor der Zell-Lyse und DNA-Extraktion bietet die Möglichkeit, die Effizienz der DNA-Extraktion zu quantifizieren. Das Verwenden eines Spike-Ins während der DNA- Extraktion ermöglicht auch die absolute Häufigkeit von Mikroorganismen zu berechnen anstatt nur die relativen Häufigkeiten zu bekommen. Fragestellung: Die vorliegende Studie beschäftigt sich mit der Effizienz und Reproduzierbarkeit verschiedener DNA-Extraktionsmethoden sowie zwei unterschiedlichen Zell-Lyse Verfahren. Methoden: Für diese Studie wurden Bodenproben verwendet. Zwei verschiedene DNA- Extraktionskits mit jeweils zwei unterschiedlichen Lyse-Verfahren wurden angewandt. Anschließend wurde die extrahierte DNA hinsichtlich ihrer Qualität und Quantität untersucht. Vor der Extraktion wurde zusätzlich noch ein Spike-In die Bodenproben beigemischt. Ergebnisse: Die Qualität und Quantität der extrahierten DNA unterscheidet sich zwischen den verschiedenen Extraktions- und Lysemethoden. Zelllyse durch Bead-Beating verringert die Fragmentlänge signifikant. Die Anzahl der 16S rRNA Genkopien ist nicht durch die verschiedenen Methoden beeinflusst. Diskussion: Die erhobenen Daten zeigen, dass die Ergebnisse der verschiedenen Methoden nur teilweise reproduzierbar sind. Die verwendeten Extraktions- und Lyse-Methoden beeinflussen die Qualität und Quantität der extrahierten DNA. Background: Different DNA extraction methods are available, but they are limited when it comes to reproducibility. Not only the great diversity of microorganisms, but also other aspects like cell lysis methods can influence DNA recovery. Adding a reference material to the sample prior to cell lysis and DNA extraction, provides the ability to quantify the efficiency of DNA extraction. Using a spike-in during DNA extraction also allows for the absolute abundance of microorganisms to be calculated instead of only getting the relative abundances. Research Questions: The aim of this thesis was to determine the efficiency and reproducibility of different DNA extraction methods as well as cell lysis methods. Methods: For this thesis, soil samples were used. The DNA was extracted using two different commercial kits and two different cell lysis methods. A spike-in was added prior to DNA extraction. Results: The quality and quantity of the extracted DNA differs between extraction and lysis methods. Bead beating leads to significantly smaller DNA fragment sizes. The 16S rRNA gene copy number is not affected by different methods. Discussion: The data obtained in this thesis shows that the results are only reproducible to a certain extent. The used extraction and lysis methods influence the quality and quantity of the extracted DNA. |
