Verbesserte Probenaufbereitung für Whole Genome Sequencing und SNP Analysen von alpinem Mykobakterium caprae
| Autor: | Leth, Christoph |
|---|---|
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2017 |
| Předmět: |
next generation sequencing
Matrixlyse Mykobakterium caprae red deer TB Diagnose Rotwild macroscopically visible lesion Rind Bakterienkultur TB diagnostics non visible lesion RD4 subtyping cattle Rindertuberkulose Mycobacterium tuberculosis complex quantitative PCR makroskopisch sichtbare Läsionen Mycobacterium caprae nicht sichtbare Läsionen RD4 Subtypisierung bovine tuberculosis Matrixlysis bacterial cultivation |
| Popis: | Mykobakterium caprae, ein Mitglied des Mycobacterium tuberculosis complex, ist jener Erreger, welcher hauptsächlich vor das Auslösen von Rindertuberkulose im alpinen Bereich verantwortlich ist. Da die Bakterienkultur als der goldene Standard gilt, kann die Diagnose einer Rindertuberkulose bis zu zwölf Wochen dauern und erhöht dadurch die Zeit und Kosten für mit Rindertuberkulose befallene Herden. Aus diesem Grund beschäftigt sich diese Studie mit der Implementierung einer schnellen und präzisen Nachweismethode. Matrixlyse ist eine chemische Lyse welche durch hohe Harnstoffkonzentrationen das Wirtsgewebe auflöst und aus diesem Grund auch nicht sichtbare Läsionen detektieren kann. Insgesamt wurden 64 Proben von 44 Tieren (37 Rotwilder und 7 Rinder) untersucht. Vierunddreißig dieser Proben wurden zur Detektion von Mycobacterium tuberculosis complex mittels quantitativer PCR, und 21 Proben zur Subtypisierung mittels der RD4 Subtypisierungsmethode verwendet. Zusätzlich wurden drei Proben mittels Next Generation Sequencing sequenziert. Die Ergebnisse lassen darauf schließen, dass Matrixlyse eine schnelle und präzise Nachweismethode für Mycobacterium tuberculosis complex isoliert aus nativem Gewebe ist, dennoch stößt sie im Moment an ihre Grenzen, wenn die Proben mittels Next Generation Sequencing oder RD4 subtyping analysiert werden. Da die Subtypisierung eine bedeutende und zentrale Rolle in der Tuberkulose Prävention darstellt, wurde im Rahmen dieser Arbeit Bakterienkolonien von 34 Tuberkulose positiven Rindern subtypisiert um die Ausbreitung und etwaige Transmissionen verfolgen zu können. Mycobacterium caprae, a member of the Mycobacterium tuberculosis complex, is the main causative agent of bovine tuberculosis in alpine regions. Bacterial culture is the gold standard in bovine tuberculosis diagnostic but takes up to twelve weeks. This increases the time and costs for stocks affected with bovine tuberculosis. Hence this study focused on the implementation of a fast and precise mycobacterial detection method and compared it with currently used methods. Matrix lysis is a chemical lysis using high concentrations of urea to solubilize bovine and red deer tissue and was used to detect even smallest amounts or non-visible lesions of mycobacteria. A total of 64 samples collected from 44 animals (37 red deer and 7 cattle) were tested by Matrix lysis. Forty-three of these samples were used for Mycobacterium tuberculosis complex detection by quantitative PCR and other 21 for subtyping the genetically different variants of M. caprae. Furthermore, three Matrix lysis samples were used for Next Generation Sequencing. Our results confirm that Matrix lysis is a fast and precise method for detecting Mycobacterium tuberculosis complex in native tissue samples. However, at the moment it reaches its limits when the samples were analyzed by Next Generation Sequencing and RD4 subtyping. Nevertheless, subtyping is of enormous importance in the aspects of tuberculosis prevention. Therefore, bacterial colonies from additional 34 cattle were subtyped to observe any transmission routes which occurred in Austria in 2016. vorgelegt von: Christoph Leth Wien, FH Campus Wien, Masterarb., 2017 |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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