| Popis: |
HACIHALİLOĞLU KAYISI (Prunus armeniaca) ÇEŞİDİNDE TRANSKRİPTOM ANALİZİOnur CANBULATErciyes Üniversitesi, Fen Bilimleri Enstitüsü Yüksek Lisans Tezi, Haziran 2019Danışman: Doç. Dr. Kahraman GÜRCANÖZETKayısı (Prunus armeniaca) başta olmak üzere sert çekirdekli meyveler ulusal ekonomimizde önemli yere sahiptir. Ülkemiz özellikle dünya kurutmalık kayısı pazarında lider konumdadır. Kayısıda genetik, genomik ve transkriptom çalışmaları son yıllarda giderek artmıştır. Bu çalışmada 'Hacıhaliloğlu' kayısı çeşidin de, genç meyve, yaprak, çiçek, kök ve kotiledon dokularında transkriptom profili oluşturulmuştur. Illumina Novaseq6000 sistemi ile 100 bazlık çift-uçlu (pair-end) okumalar üretilmiş, her bir örnek için 40 milyon temiz okuma elde edilmiştir. Okumalar NCBI veri tabanın da kayıtlı şeftali (Prunus_persica_NCBIv2) referans genomuna eşleştirilmiş, trankriptler elde edilmiştir. Toplam 26.358 unigen tespit edilmiştir. Doku spesifik ve ortak olarak ifade edilen genler belirlenmiş ve gen ekspresyon seviyeleri karşılaştırılmıştır. Elde edilen transkriptom analiz sonuçlarının, kayısı ıslah ve genetik çalışmalarına katkı sağlayacağı düşünülmektedir. Anahtar Kelimeler: Kayısı (Prunus armeniaca), Transkriptom Analizi, RNA-seq TRANSCRIPTOME ANALYSIS OF APRICOT (Prunus armeniaca) VARRIETY `HACIHALİLOĞLU`Onur CANBULATErciyes University, Institute of ScienceM.Sc. Thesis, June 2019Adviser: Doç. Dr. Kahraman GÜRCANABSTRACTApricot (Prunus armeniaca) and other stone fruits are important in Turkish national economy. Turkey is especially the leader in the world dried apricot production. Genetic, genomic and transcriptome studies in apricot have increased in recent years. In this study, transcriptome profile of immature fruit, leaf, flower, root and cotyledon tissues of 'Hacıhaliloğlu' apricot cultivar were produced. Illumina Novaseq6000 system was used to obtain 40 million 100-base pair-end readings for each sample. The readings are mapped to the reference genome of Peach (Prunus_persica_NCBIv2) deposited in the NCBI to determine the transcript. A total of 26,358 unigene were detected. Tissue specific and co-expressed genes were identified. Gene expression levels at five tissues were compared. The results of transcriptome analysis will contribute to the apricot breeding and genetics.Key Words: Apricot (Prunus armeniaca), Transcriptome analysis, RNA-seq 81 |
