| Popis: |
ÖZETADAY MOLEKÜLER HEDEFLERİN YETİŞKİN (KML) VE ÇOCUKLUK ÇAĞI(AML, ALL) LÖSEMİLERİNDE İNCELENMESİCemaliye Akyerli BoyluDoktora tezi, Moleküler Biyoloji ve Genetik BölümüTez Yöneticisi: Doç.Dr.Tayfun ÖzçelikMayıs 2004, 131 SayfaAday moleküler hedefler üç farklı lösemi tipinde incelenmiştir. Bunlar,kronik miyelositer lösemi (KML), akut miyelositer lösemi (AML) ve akut lenfositiklösemi (ALL)' dir. İlk moleküler hedef grubu yeni prognostik skorla sınıflandırılmışaltmış yedi KML hastasında cDNA'ya bağlı gen ifade profillerinin incelenmesi ilesaptanmıştır. Hastalar, yeni skorlama ile yüksek, orta ve düşük riskli olaraksınıflandırılmıştır. Risk gruplarının tedaviye cevapları farklıdır ve her grubun genifade profilleri bilinmemektedir. cDNA mikrodizilimleri kullanılarak iki yüksek veiki düşük riskli hasta karşılaştırılmış ve yedi adet gen seçilmiştir. Yarı-nicel vegerçek zamanlı ters yazılımlı polimeraz zincir reaksiyonu (RT-PCR) yapılmış vesonuçların cDNA mikrodizilimleri ile benzer olduğu gösterilmiştir. PTGS1 dışındakitüm genlerin ifadeleri, yarı-nicel RT-PCR sonucuna göre, istatistiksel olarak yüksek(n=9) ve düşük (n=7) riskli grup arasında anlamlı farklılık göstermektedir (IFITM1ve CXCL3 p=0.001; CCNH p=0.012; RAB1A p=0.01, PRKAR2B p=0.016; UCP2p=0.04; ve PTGS1 p=0.315). Gerçek zamanlı RT-PCR düşük (n=34) ve yüksek(n=11) riskli hastalarda IFITM1 için benzer sonuçları vermiştir (p=9.7976 x 10-11).Kaplan-Meier analizleri sonucunda yüksek IFITM1 veya düşük CXCL3 ifadelerininsağ kalımla ilişkili olduğu saptanmıştır (sırası ile p=0.01 ve p=0.059). Sonuçlarımız,gen ifade profillerinin risk gruplarının tanımlanmasında kullanılabileceğinigöstermekte ve ayrıca sağ kalımları belirlemekte yardımcı olabilmektedir.DNA onarım genlerindeki mutasyonlarla hematolojik hastalıklar arasındakiilişki iyi bilinmekle beraber, baz çıkarma onarım genlerinden insan E. coli mut Yhomoloğu MYH'deki eşey hücre mutasyonu kalıtsal bir kanser hastalığında ilk kezgeçtiğimiz yıl gösterilmiştir. Kanserle ilgili MYH mutasyonlarından Tyr165Cys veGly382Asp İngiliz kontrol populasyonunda yüksek sıklıkta (yüzde 1) gözlenmiştir.Bu bulgulara dayanarak, çocukluk çağı lösemileri olan AML (n=45) ve ALL (n=140)hastalarında yukarıda belirtilen mutasyonları kandan elde edilen DNA molekülündeinceledik. Mutasyonlar AML/M3 tanısı olan bir hasta hariç, diğer hasta örneklerindeve kontrolde saptanmamıştır. Tyr165Cys mutasyonu tanı sırasında alınan örnekteheterozigot olarak bulunmaktaydı. Remisyonda alınan örnek ve ebeveyn DNA'larıincelendiğinde sadece normal alel gözlenmiştir. Bu nedenle, mutasyonun lösemikblastlara özgü olduğu düşünülmüştür. Bu sonuçlar çocukluk çağı lösemileri ile MYHmutasyonları Tyr165Cys ve Gly382Asp arasında bir ilşki bulunabileceğinigöstermemiştir. Son olarak, bu mutasyonların kontrol grubunda gösterilememesiTürk toplumundan elde edilen sonuçların İngiliz toplumundan farklı olduğunudüşündürmüştür.iv ABSTRACTANALYSIS OF CANDIDATE MOLECULAR TARGETS IN ADULT (CML) ANDCHILDHOOD (AML, ALL) LEUKEMIASCemaliye Akyerli BoyluPh.D. in Molecular Biology and GeneticsSupervisor: Assoc.Prof.Tayfun ÖzçelikMay 2004, 131 PagesCandidate molecular targets were investigated in three different types ofleukemias, chronic myeloid leukemia (CML), acute myeloid leukemia (AML) andacute lymphocytic leukemia (ALL). The first group of these molecular targets wasidentified through a cDNA based gene expression profile analysis in sixty-sevenCML patients who were classified according to clinical parameters known as newprognostic score (NPS). CML patients can be divided into three groups of low-risk,intermediate-risk, and high-risk, based on NPS. Response of these risk groups totreatment is not uniform and the gene expression profiles associated with each riskgroup remain unknown. Seven genes were chosen from a cDNA microarray study inwhich two high versus two low-risk patients were analyzed. Semi-quantitative andreal-time reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis of thesedifferentially expressed transcripts highly correlated with the microarray data.Expression levels of all genes, except PTGS1, were significantly different betweenthe high (n=9) and low-risk (n=7) CML by semi-quantitative RT-PCR (IFITM1 andCXCL3 p=0.001; CCNH p=0.012; RAB1A p=0.01, PRKAR2B p=0.016; UCP2p=0.04; and PTGS1 p=0.315). Real-time RT-PCR analysis showed similar resultsfor IFITM1 expression in thirty-four low and eleven high-risk patients (p=9.7976 x10-11). Higher IFITM1 or lower CXCL3 expression correlated with improvedsurvival (p=0.01 and p=0.059 respectively). Gene expression profiling is a valuabletool to identify candidate risk group indicator genes for the development of amolecular classification system for CML, which may also predict survival.Although the connection between DNA-repair gene mutations andhematological malignancies are now well established, germ-line mutations in thebase excision repair (BER) pathway was only recently documented in an inheritedcancer syndrome in human homologue of E. coli mut Y (MYH). Interestingly, thecancer associated MYH missense mutations Tyr165Cys and Gly382Asp have beendocumented with a high frequency (1 percent) in a control group of the Britishpopulation. Therefore, we screened the above mentioned missense variants in twodifferent childhood leukemias, AML (n=45) and ALL (n=140). Neither mutation waspresent in any of the patient samples and controls, except for one patient diagnosedwith AML/M3. Tyr165Cys mutation in the heterozygous state was present in thesample obtained at the time of initial diagnosis. Further sampling, at remission, andthe analysis of parental DNA, showed only the normal allele. Therefore, themutation was considered to be specific for the leukemic blasts. Based on theseresults, an association between childhood leukemias and the MYH missense variantsTyr165Cys and Gly382Asp was not observed. Also, these variants appear to beabsent -if not at a very low frequency- in the Turkish population, contrary to theBritish population.iii 146 |
