| Popis: |
Iflaviridae ailesine ait olan deforme kanat virüsü (DWV), tüm dünyada bal arısı kolonilerinde ciddi maddi kayıplara neden olan yıkıcıbir virüstür. 2020'de (Kasım) Erzincan ilinden toplanan virüs şüphesi olan bal arısı örnekleri, DWV enfeksiyonuna karşı molekülertestlerle tarandı. Test edilen 12 örneğin 6'sında muhtemel virüs varlığını gösteren yaklaşık 700 bp DNA bandı elde edildi. Virüsünvarlığını gösteren bantlardan rastgele seçilen iki amplifiye edilmiş DNA bandı pGEM-T Easy vektörüne klonlanmış ve elektrikselolarak kompetan E. coli bakterisine aktarılmıştır. Klonlamadan elde edilen rekombinant plazmitler, E. coli'den saflaştırılmış ve yeninesil dizileme (NGS) ile dizilenmiştir. DWV'nin kısmi nükleotid dizilerinin 711 nükleotid içerdiği tespit edilmiş ve bu dizilerMW962981 ve MW962982 erişim numarası ile NCBI GenBank'a kaydedilmiştir. Her iki izolatın en yüksek dizi benzerliği, nükleotiddüzeyinde %98.03 ile %98.17 arasında değişmiştir. Ayrıca, Erzincan DWV dizilerinin filogenetik ilişkileri, GenBank'ta kayıtlı farklıekolojik bölgelerden 15 benzersiz dizi kullanılarak ortaya çıkarılmıştır. Filogenetik ağaç, DWV Erzincan izolatlarının İngiltere(HM067438), İspanya (MK262743) ve İsveç (MN746311) izolatları ile kümelendiğini göstermiştir. Literatür bilgilerimize göre, buçalışma ile DWV (Deforme kanat virüsü) Türkiye'nin Erzincan ili bal arılarında ilk kez rapor edilmişti Deformed wing virus (DWV), which belongs to the Iflaviridae family, is a devastating virus causing severe financial losses in honeybee colonies all over the world. In 2020 (November), virus-suspected honey bee specimens collected from Erzincan province werescreened by molecular assays against DWV infection. In 6 of 12 samples, an expected approximately 700 bp DNA bands wereachieved, indicating probably virus-positive. Two randomly selected amplified DNA band suggesting the presence of the virus wasfurther cloned into a pGEM-T Easy vector and electrically transformed into E. coli competent bacteria. Recombinant plasmidsobtained from cloning were purified from E. coli and sequenced by next-generation sequencing (NGS). The partial nucleotidesequences of DWV were ascertained to contain 711 nucleotides and these sequences were recorded in the NCBI GenBank withMW962981 and MW962982 accession number. The highest sequence similarity of both isolates ranged from 98.03% to 98.17%, atthe nucleotide level. Furthermore, phylogenetic relationships of Erzincan DWV sequences were revealed using 15 unique sequencesfrom different ecological regions registered in the GenBank. Phylogenetic tree displayed that DWV Erzincan isolates are clusteredwith UK (HM067438), Spain (MK262743), and Sweden (MN746311) isolates. According to our best knowledge, DWV has beenreported for the first time in the honey bees from Erzincan province of Turkey by this stud |
