| Popis: |
Cpp-mdbg je efikasan asembler genoma koji sastavlja de Bruijn graf u prostoru "minimizera". Koristeći pažljivo odabrane parametre, graf se sastavlja iz rijetkih reprezentacija sekvenci u prostoru minimizera, što rezultira kompaktnim grafom koji se može brzo obraditi. U ovom radu demonstriramo kako je moguće sastaviti ljudski genom po uzoru na CHM13 ispod 20 minuta s pokrivenošću od preko 99%. Asembler podržava razrješavanje haplotipa koristeći trio binning. Cpp-mdbg is an efficient genome assembler that uses minimizer based de Bruijn graphs. Using carefully picked parameters, the graph is assembled from sequences sparsely represented by minimizers, which results in a compact, easy to process graph. In this work we assemble a human genome inspired by CHM13 under 20 minutes with over 99% bases of the reference genome covered. The assembler supports haplotype resolution using trio binning. |
