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Introducción: Las limas de uso endodóntico, consideradas instrumental crítico, por su contacto con tejido biológico requieren un proceso de limpieza y desinfección que minimice el riesgo de contaminación cruzada. Objetivo: Analizar la efectividad de los protocolos de limpieza y desinfección aplicados a limas manuales K-Flexofile (Maillefer). Metodología: Se realizó un estudio cuasiexperimental con 80 limas manuales K-Flexofile; distribuidas, en igual número, en tres grupos y un grupo control sin protocolo asignado. Las limas fueron utilizadas en procedimientos endodónticos, posteriormente se aplicaron los protocolos de limpieza y desinfección a cada grupo de limas, según correspondía. En cada grupo se aplicó cepillado manual bajo chorro de agua durante tres minutos, inmersión para el grupo uno peróxido de hidrogeno al 3%, el grupo dos glutaraldehídos al 2% y el grupo tres lavados ultrasónicos con jabón enzimático durante 15 minutos, en todos se realizó lavado, secado y posterior esterilización. Para analizar las muestras, bajo protocolos de bioseguridad, se realizó la tinción de las limas con el reactivo Van Giesson y posterior observación al estereoscopio. La variable de salida se relacionó con cada una de las variables explicativas, mediante la aplicación de Test de Chi2 o exacto de Fisher para las cualitativas considerando un nivel de significancia de alfa ≤ 0,05. Resultados: Se evidenciaron diferencias estadísticamente significativas tanto en la presencia de residuos como en la densidad de la película orgánica, comparados con el grupo control (valor P= |