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Les objectifs étaient de déterminer la flore microbienne de poissons de différentes origines géographiques et de créer une méthode d'analyse moléculaire permettant de relier l'analyse globale des bactéries à leur origine. Les microflores bactériennes de Tilapias de Thaïlande et des poissons-chats du Vietnam ont été isolées puis identifiées par microbiologie et biologie moléculaire. 563 bactéries appartenant à 18 genres différents ont été isolées et identifiées. Les bactéries Gram négatif sont majoritaires avec 64%, 54%, 86% et 66% respectivement sur le Tilapia niloticus de Khon Kaen, T. niloticus de Nakom Ratchasima de Thaïlande, Pangasius hypophthalmus et P. bocourti du Vietnam. Les bactéries des Tilapias et des poissons-chats sont différentes: les Pseudomonas et les Enterobacter prédominent chez le Tilapia niloticus de Khon Kaen, les Entérobactéries sont les plus fréquentes chez le Tilapia niloticus de Nakorn Ratchasima suivies par les Pseudomonas et les Staphylococcus. Les Escherichia et Kiebsiella prédominent chez P. hypophthalmus, les Micrococcus, Enterobacter et Escherichia prédominent chez P. bocourti du Vietnam. Une analyse globale de la microflore des poissons par PCR-DGGE a été mise au point. Chaque étape a été optimisée: homogénéisation, centrifugation, extraction des ADN, amplification en PCR. Pour la DGGE, le gradient dénaturant optimisé est de 30-60%. Les bandes DGGE sont visibles pour des populations bactériennes dans les échantillons de 105 à 107 UFC/mL. Deux combinaisons voltage/durée de migration sont proposées: 200V/4h pour l'analyse de l'ADN de souches pures de bactéries et 80V/12h pour l'analyse de la communauté bactérienne des poissons. Les analyses statistiques des profils ont permis de relier les communautés bactériennes des poissons à leurs origines. |
