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Targeted sequencing (TS) is growing as a screening methodology used in research and medical genetics to identify genomic alterations causing human diseases. In general, a list of possible genomic variants is derived from mapped reads through a variant calling step. This processing step is usually based on variant coverage, although it may be affected by several factors. Therefore, undercovered relevant clinical variants may not be reported, affecting pathology diagnosis or treatment. Thus, a prior quality control of the experiment is critical to determine variant detection accuracy and to avoid erroneous medical conclusions. There are several quality control tools, but they are focused on issues related to whole-genome sequencing. However, in TS, quality control should assess experiment, gene, and genomic region performances based on achieved coverages. Here, we propose TarSeqQC R package for quality control in TS experiments. The tool is freely available at Bioconductor repository. TarSeqQC was used to analyze two datasets; low-performance primer pools and features were detected, enhancing the quality of experiment results. Read count profiles were also explored, showing TarSeqQC's effectiveness as an exploration tool. Our proposal may be a valuable bioinformatic tool for routinely TS experiments in both research and medical genetics. Fil: Merino, Gabriela Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina. Area de Ciencias Agrarias, Ingeniería, Ciencias Biológicas y de la Salud de la Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales; Argentina Fil: Murua, Yanina Alejandra. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Fresno Rodríguez, Cristóbal. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina. Area de Ciencias Agrarias, Ingeniería, Ciencias Biológicas y de la Salud de la Universidad Católica de Córdoba; Argentina Fil: Sendoya, Juan Martín. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Golubicki, Mariano. Intergrupo Argentino para el Tratamiento de los Tumores Gastrointestinales; Argentina Fil: Iseas, Soledad. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Gastroenterología "Dr. Carlos B. Udaondo"; Argentina Fil: Coraglio, Mariana. Gobierno de la Ciudad de Buenos Aires. Hospital de Gastroenterología "Dr. Carlos B. Udaondo"; Argentina Fil: Podhajcer, Osvaldo Luis. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Llera, Andrea Sabina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Oficina de Coordinación Administrativa Parque Centenario. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires. Fundación Instituto Leloir. Instituto de Investigaciones Bioquímicas de Buenos Aires; Argentina Fil: Fernandez, Elmer Andres. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Centro Científico Tecnológico Conicet - Córdoba; Argentina. Area de Ciencias Agrarias, Ingeniería, Ciencias Biológicas y de la Salud de la Universidad Católica de Córdoba; Argentina. Universidad Nacional de Córdoba. Facultad de Ciencias Exactas, Físicas y Naturales; Argentina |
