| Popis: |
The student will be working in a multidisciplinary research team with medical doctors, statisticians and computer scientists to study the effects of anti-COVID-19 vaccines using England patient level data (AURUM CPRD). The project will entail specific formation on and working with Observational Medical Outcomes Partnership (OMOP) Common Data Model (CDM) structure. This is a data format used to map data worldwide into the same structure. The student will learn how to create cohorts of vaccinated and non-vaccinated patients of COVID-19, and will employ advanced static techniq Previous research suggests that although (some) COVID-19 vaccines could increase rare thrombosis risk, SARS-CoV-2 infection leads to a much higher risk. The effects of vaccination on risk for post-COVID thromboses and cardiovascular complications remain unknown. Our work aims to evaluate the effect of COVID-19 vaccines on the risk of cardiac and thromboembolic complications after SARS-CoV-2 infection by comparing the risk for these events in vaccinated vs. unvaccinated individuals. UK primary care records from the Clinical Practice Research Datalink (CPRD) AURUM were used to conduct a two staggered cohort study. All individuals aged >= 65 years or clinically extremely vulnerable were eligible. The first cohort enrolled people aged >= 75 years (UK Government risk groups 2+3) between 4th January 2021 and 27th January 2021. People receiving first COVID-19 vaccine dose within the enrolment period constituted the vaccinated cohort. Second cohort enrollment went from 28th January 2021 to 28th February 2021. Eligible individuals were >= 65 years, adults clinically extreme vulnerable/at-risk patients (UK Government risk groups 4-6), and still unvaccinated persons from the first cohort. At that time two vaccines were administrated in the UK, Pfizer and ChAdOx1. Thereby three vaccinated cohorts were built: any vaccine (VC), Pfizer vaccine (PF) and AstraZeneca (AZ). They were compared to an unvaccinated cohort (UV). First dose date was set as index for VC, AZ, and PF, while random dates within the enrolment periods were used for the unvaccinated cohort (UV). Individuals with a history of COVID-19, or vaccination against it before index were excluded. Participants were followed up until the first occurrence of event of interest, death, end of follow-up/data availability, or change in exposure status (first vaccine dose for UV). Outcomes of interest included venous thromboembolism (VTE), arterial thromboembolism (ATE), and heart failure (HF), ascertained separately in different time windows: 0 to 30 days, and 31 to 90 days, 91 to 180 days, 181 to 365 days post-COVID. Propensity Score (PS) overlap weighting was used to minimise confounding. Variables in the PS included age, GP practice, region, prior observation years, number of previous visits, and number of previous PCR tests, in addition to variables predictive of vaccination based on lasso regression including all covariates with prevalence >0.5%. Unmeasured confounding was assessed using 43 Negative Control Outcomes. Fine-Gray models were used to estimate subdistribution Hazard Ratios for each outcome and corrected using empirical calibration. Results suggest that COVID-19 vaccines are associated with a reduced risk of venous thromboembolic complications following SARS-CoV-2 infection. No similar effects are seen for arterial events or heart failure. Further research is needed on the potential effect of COVID-19 vaccines to prevent long COVID and post-acute complications. Investigaciones anteriores sugieren que, aunque (algunas) vacunas contra la COVID-19 podrían aumentar el riesgo de trombosis, la infección por SARS-CoV-2 conlleva un riesgo mucho mayor. Se desconocen los efectos de la vacunación sobre el riesgo de trombosis post-COVID y complicaciones cardiovasculares. Nuestro trabajo pretende evaluar el efecto de las vacunas contra la COVID-19 frente al riesgo de complicaciones cardíacas y tromboembólicas tras la infección por SARS-CoV-2, comparando el riesgo de estos eventos en individuos vacunados y no vacunados. Se utilizaron registros de atención primaria del Reino Unido del 'Clinical Practice Research Datalink' (CPRD) AURUM para llevar a cabo un estudio de dos cohortes escalonadas. Todas las personas de edad >= 65 años o clínicamente extremadamente vulnerables eran elegibles. La primera cohorte incluyó a personas con edades >= 75 años (grupos de riesgo 2+3 del gobierno del Reino Unido) entre el 4 de enero de 2021 y el 27 de enero de 2021. Las personas que recibieron la primera dosis de vacuna contra la COVID-19 durante el período de inscripción constituyeron la cohorte vacunada. El período de inscripción a la segunda cohorte iba del 28 de enero de 2021 al 28 de febrero de 2021. Las personas elegibles eran >= 65 años, pacientes adultos clínicamente extremadamente vulnerables/en riesgo (grupos de riesgo del gobierno del Reino Unido 4 -6) y personas todavía no vacunadas de la primera cohorte. En ese momento se administraban dos vacunas en Reino Unido, Pfizer y AstraZeneca. De esta forma se construyeron tres cohortes vacunadas: cualquier vacuna (VC), vacuna Pfizer (PF) y AstraZeneca (AZ). Las tres se compararon con una cohorte no vacunada (UV). La fecha de la primera dosis se estableció como fecha índice para VC, AZ y PF, mientras que se sortearon fechas dentro de los períodos de inscripción para UV. Se excluyeron a las personas con antecedentes de COVID-19 o vacunados antes de la fecha el índice. Los participantes fueron seguidos hasta la primera aparición del evento de interés, muerte, finalización del seguimiento/disponibilidad de datos o cambio en el estado de exposición (primera dosis de vacuna para UV). Los eventos de interés fueron tromboembolismo venoso (VTE), tromboembolismo arterial (ATE) y fallo cardíaco (HF), evaluados por separado en diferentes intervalos de tiempo: de 0 a 30 días y de 31 a 90 días, de 91 a 180 días, de 181 a 365 días post-COVID. Se utilizó 'propensity scores' (PS) para minimizar a los confusores. Las variables para estimar PS incluían la edad, la práctica del médico de cabecera, la región, los años de observación anteriores, el número de visitas previas al médico, y el número de pruebas PCR previas, además de variables predictivas de la vacunación basadas en la regresión LASSO que incluyen todas las covariables con prevalencia > 0,5%. Los confusores no observados se evaluó mediante 43 controles negativos. Se empleó el modelo Fine-Gray para estimar los ratios de peligro de subdistribución para cada evento de interés y se corrigieron mediante calibración empírica. Los resultados sugieren que las vacunas contra la COVID-19 están asociadas a un riesgo reducido de complicaciones tromboembólicas venosas tras la infección por SARS-CoV-2. No se ven efectos similares para eventos arteriales o insuficiencia cardíaca. Se necesitan más investigaciones sobre el efecto potencial de las vacunas contra la COVID-19 para prevenir complicaciones cardíacas y tromboembólicas después de la COVID-19. Investigacions anteriors suggereixen que, tot i que (algunes) vacunes contra la COVID-19 podrien augmentar el risc de trombosi, la infecció per SARS-CoV-2 comporta un risc molt més gran. Es desconeixen els efectes de la vacunació sobre el risc de trombosis post-COVID i complicacions cardiovasculars. El nostre treball pretén avaluar l'efecte de les vacunes contra la COVID-19 davant el risc de complicacions cardíaques i tromboembòliques després de la infecció per SARS-CoV-2, comparant el risc d'aquests esdeveniments en individus vacunats i no vacunats. Es van utilitzar registres d'atenció primària del Regne Unit del ?Clinical Practice Research Datalink? (CPRD) AURUM per dur a terme un estudi de dues cohorts escalonades. Totes les persones d'edat >= 65 anys o clínicament extremadament vulnerables eren elegibles. La primera cohort va incloure persones amb edats >= 75 anys (grups de risc 2+3 del govern del Regne Unit) entre el 4 de gener de 2021 i el 27 de gener de 2021. Les persones que van rebre la primera dosi de vacuna contra la COVID-19 durant el període d'inscripció van constituir la cohort vacunada. El període d?inscripció a la segona cohort anava del 28 de gener de 2021 al 28 de febrer de 2021. Les persones elegibles eren >= 65 anys, pacients adults clínicament extremadament vulnerables/en risc (grups de risc del govern del Regne Unit 4-6) i persones encara no vacunades de la primera cohort. En aquell moment es s?administraven dues vacunes al Regne Unit, Pfizer i AstraZeneca. D'aquesta manera es van construir tres cohorts vacunades: qualsevol vacuna (VC), vacuna Pfizer (PF) i AstraZeneca (AZ). Les tres es van comparar amb una cohort no vacunada (UV). La datade la primera dosi es va establir com a data índex per a VC, AZ i PF, mentre que es van sortejar dates dins dels períodes d'inscripció per a UV. Es van excloure les persones amb antecedents de COVID-19 o vacunats abans de la data l'índex. Els participants van ser seguits fins a la primera aparició de l'esdeveniment d'interès, mort, finalització del seguiment/disponibilitat de dades o canvi en l'estat d'exposició (primera dosi de vacuna per a UV). Els events d'interès van ser tromboembolisme venós (VTE), tromboembolisme arterial (ATE) i fallada cardíaca (HF), evaluats per separat en diferents intervals de temps: de 0 a 30 dies i de 31 a 90 dies, de 91 a 180 dies, de 181 a 365 dies post-COVID. Es va utilitzar ?propensity scores? (PS) per minimitzar els confusors. Les variables per estimar PS incloïen l'edat, la pràctica del metge de capçalera, la regió, els anys d'observació anteriors, el nombre de visites prèvies al metge, i el nombre de proves PCR prèvies, a més de variables predictives de la vacunació basades en la regressió LASSO que inclouen totes les covariables amb prevalença > 0,5%. Els confusors no observats es va avaluar mitjançant 43 controls negatius. Es va utilitzar el model Fine-Gray per estimar les ràtios de perill de subdistribució per a cada evento d?interés i es van corregir mitjançant calibratge empíric. Els resultats suggereixen que les vacunes contra la COVID-19 estan associades amb un risc reduït de complicacions tromboembòliques venoses després de la infecció per SARS-CoV-2. No s'observen efectes similars per a esdeveniments arterials o insuficiència cardíaca. Es necessiten més investigacions sobre l'efecte potencial de les vacunes contra la COVID-19 per prevenir complicacions cardiaques i tromboemboliques després de la COVID-19. |
