Identification of brazilian woods by DNA Barcode

Autor: Borges, Kelly Carla Almeida de Souza
Přispěvatelé: Lelis, Roberto Carlos Costa, Mendon?a, Ev?nia Galv?o, Blank, Arie Fitzgerald, Muniz, Graciela Ines Bolzon de, Corr?a, Rodrigo Studart, Garcia, Rosilei Aparecida
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2016
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UFRRJ
Universidade Federal Rural do Rio de Janeiro (UFRRJ)
instacron:UFRRJ
Popis: Submitted by Leticia Schettini (leticia@ufrrj.br) on 2021-11-05T12:54:12Z No. of bitstreams: 1 2016 - Kelly Carla Almeida de Souza Borges.pdf: 2417474 bytes, checksum: d81ebe10299435e98b6167833358e4d4 (MD5) Made available in DSpace on 2021-11-05T12:54:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016 - Kelly Carla Almeida de Souza Borges.pdf: 2417474 bytes, checksum: d81ebe10299435e98b6167833358e4d4 (MD5) Previous issue date: 2016-07-13 DNA barcode is a DNA fragment to identify species quickly and accurately. Considering the difficulty to identify native woods, especially if they are dry and processed, this study aimed to verify the possibility of extracting, amplifying and sequencing the DNA of dry heartwood of species commercialized in Rio de Janeiro. The studied woods were: Aspidosperma vargasii, Aspidosperma desmanthum, Anacardium giganteum, Cedrela odorata, Amburana acreana, Dypterix odorata, Aspidosperma macrocarpon, Caryocar glabrum, Peltogyne confertiflora and Allantona lineata. The anatomical characteristics of the macroscopic wood woods were checked with magnifying aid (10X magnification) and scanning electron microscopy (SEM). The DNA extraction was conducted using five test protocols and six replicates. Because it is degraded material, the DNA was amplified with Platinum Taq polymerase enzyme to increase amplification efficiency. The gene chosen as a marker was the rbcL, conserved region gene. The steps of purification and sequencing of the samples were conducted by Macrogen company (Seoul, South Korea). The best protocol for dry heartwood DNA was extracted using Qiagen kit (protocol 2) and for this technique, the purity of samples is more important that increased concentrations of DNA. It was possible to amplify DNA from all samples and identify the sequence "DNA barcode" for Aspidosperma vargasii, Dypterix odorata and Allantona lineata. For other species, allowing no variation select the barcode sequence, but the listed sequences were obtained, since the same sequence had not yet been reported in the literature. The results found in this study can be used as a timber identification tool both in the forest inspection, and to add value to timber trade through certification woods identified by molecular methods. O DNA Barcode ? uma tecnologia em que se utiliza um fragmento de DNA para identificar esp?cies de forma r?pida e precisa. Devido a grande dificuldade encontrada para identificar madeiras nativas, principalmente, se as mesmas estiverem secas e processadas, o presente trabalho teve como objetivo verificar a possibilidade de extrair, amplificar e sequenciar o DNA de madeira de cerne seco de esp?cies nativas comercializadas no Estado do Rio de Janeiro, grande consumidor de madeira. As madeiras estudadas foram: amarel?o (Aspidosperma vargasii), araracanga (Aspidosperma desmanthum), caju-a?u (Anacardium giganteum), cedro (Cedrela odorata), cerejeira (Amburana acreana), cumaru (Dypterix odorata), peroba-mica (Aspidosperma macrocarpon), piquiarana (Caryocar glabrum), roxinho (Peltogyne confertiflora) e seru (Allantona lineata). As caracter?sticas anat?micas da madeira macrosc?picas das madeiras foram verificadas com aux?lio de lupa (aumento de 10x) e por microscopia eletr?nica de varredura (MEV). A extra??o de DNA foi conduzida por meio de teste de cinco protocolos e com seis repeti??es. Por tratar-se de material degradado, o DNA foi amplificado com enzima Taq polimerase Platinum para aumentar a efici?ncia da amplifica??o. O gene escolhido como marcador foi o rbcL, gene de regi?o conservada. As etapas de purifica??o e sequenciamento das amostras foram conduzidas pela empresa Macrogen (Seoul, Coreia do Sul). O melhor protocolo para extra??o de DNA de cerne seco foi o kit Qiagen (protocolo 2) e para essa t?cnica o grau de pureza das amostras ? mais importante que maiores concentra??es de DNA. Foi poss?vel amplificar o DNA de todas as amostras e identificar a sequ?ncia ?DNA Barcode? para as esp?cies amarel?o (Aspidosperma vargasii), cumaru (Dypterix odorata) e seru (Allantona lineata). Para as demais esp?cies, n?o houve varia??o que permitisse selecionar a sequ?ncia Barcode, mas as sequ?ncias obtidas foram listadas, j? que o sequenciamento das mesmas ainda n?o tinha sido citado na literatura. O resultado encontrado no presente trabalho pode ser utilizado como uma ferramenta de identifica??o de madeiras tanto no ?mbito da fiscaliza??o florestal, quanto para agregar valor ao com?rcio madeireiro atrav?s de certifica??o de madeiras identificadas por m?todos moleculares.
Databáze: OpenAIRE
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