Identificação e análise estrutural de um novo RNA não-codificante, homólogo ao sbRNA, no genoma de Bombyx mori

Autor: Duarte Junior, Francisco Ferreira, 1990
Přispěvatelé: Fernandez, Maria Aparecida, Monesi, Nádia, Oliveira, Marco Aurélio Schüler de
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2016
Předmět:
Zdroj: Repositório Institucional da Universidade Estadual de Maringá (RI-UEM)
Universidade Estadual de Maringá (UEM)
instacron:UEM
Popis: Orientadora: Prof.ª Dr.ª Maria Aparecida Fernandez Dissertação (mestrado em Ciências Biológicas) - Universidade Estadual de Maringá, 2016 RESUMO: A replicação do DNA é um fenômeno regulado por diversos fatores, tais como proteínas e até mesmo um grupo de RNAs especiais, dos RNAs não-codificadores de proteínas (ncRNAs). Dentre estes, estão os stem-bulge RNAs (sbRNAs), cujo papel em Caenorhabditis elegans ainda não está claro, mas devido à homologia que apresentam com Y RNAs de vertebrados, é possível que tenham função semelhante, atuando no processamento de RNAs e na replicação do DNA. O bichoda- seda (Bombyx mori) possui um vasto repertório de informações em mutações genéticas que influenciam seu desenvolvimento, morfologia e comportamento, sendo considerado um organismo modelo em estudos de biologia celular e molecular. Este trabalho objetivou caracterizar o primeiro gene, capaz de codificar uma molécula pertencente à classe dos sbRNAs, em B. mori. Para tal, utilizou-se um trecho de sequência conservada, encontrada em todos os sbRNAs de C. elegans, para comparar com o genoma de B. mori. As sequências obtidas tiveram as suas estruturas secundárias modeladas e comparadas à estrutura padrão dos sbRNAs de C. elegans. A partir de PCR com cDNA e sequenciamento, foi possível comprovar a expressão do gene de interesse. Para os experimentos de simulação de dinâmica molecular, foram utilizados Y5 RNAs de humano e hamster Chinês e um sbRNA de C. elegans como parâmetros de comparação. As análises apresentadas neste trabalho indicam a descoberta de um gene que é transcrito em um segmento de RNA equivalente aos segmentos de Y RNAs de humano e hamster e com o sbRNA de C. elegans. A similaridade e a dinâmica conformacional das estruturas em 3D, observadas durante as simulações de dinâmica molecular destas quatro moléculas de RNA, sugerem fortemente que o BmsbRNA atue como um sbRNA. Sendo assim, os resultados apresentados neste trabalho, sugerem fortemente indícios do primeiro sbRNA na ordem Lepidoptera e um dos primeiros em insetos ABSTRACT: DNA replication is a phenomenon regulated by several factors, such as proteins and even a group of special RNAs, of non-protein coding RNAs (ncRNAs). Among these, there are the stem-bulge RNAs (sbRNAs), whose role in Caenorhabditis elegans is still unclear. Due to their homology with vertebrate Y RNAs, it is possible that they have similar function, acting on RNA processing and replication of DNA. The silkworm (Bombyx mori) has a vast repertoire of information on genetic mutations that influence its development, morphology and behavior, being considered a model organism in studies of cellular and molecular biology. This work aimed to characterize the first gene, capable of encoding a molecule that belongs to the class of sbRNAs, in B. mori. For this, a conserved sequence, found in all sbRNAs from C. elegans, was used to search the B. mori genome. The resulting sequences had their secondary structures modeled and compared to the standard structure for C. elegans sbRNAs. By means of PCR with cDNA and sequencing, it was possible to prove the expression of the gene of interest. It was used Y5 human and Chinese hamster RNAs and a sbRNA of C. elegans as comparison parameters in the molecular dynamics simulation. The analyzes presented in this work indicate the discovery of a gene that is transcribed in an RNA segment equivalent to the human and hamster Y RNA segments and the sbRNA from C. elegans. The similarity and conformational dynamics of 3D structures, observed during the molecular dynamics simulations of these four RNA molecules, strongly suggest that BmsbRNA acts as a sbRNA molecule. Thus, the results presented in this work strongly suggest clues of the first sbRNA in Lepidoptera and one of the first ones in insects. 35 f. : il. (algumas color.).
Databáze: OpenAIRE
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