Avaliação genética em rebanhos pastorais com incerteza de paternidade

Autor: Carneiro, Francisco Flávio Dias
Přispěvatelé: Lôbo, Raimundo Nonato Braga
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2016
Předmět:
Zdroj: Repositório Institucional da Universidade Federal do Ceará (UFC)
Universidade Federal do Ceará (UFC)
instacron:UFC
Popis: Many sheep flocks in the world are managed collectively, in community way, in which animals from different owners graze together. These conditions make it difficult or impossible to identify the paternity of offspring, as several rams and ewes can mate with no control or livestock record. This practice prevents the obtaining of genetic evaluations using animal model. The aim of this study is to evaluate the efficiency of the use of two methods, the hierarchical animal model (MH) and the average numerator of the relationship matrix (NMMP), in the estimation of genetic parameters and breeding values of sheep in situation with paternity uncertainty in which there is mating in the presence of multiple sires. The methods were compared in two cases, one with a simulated trait with 7.5 kg2 phenotypic variance, mean 14.5 kg, and heritability of 0.30, so that the true genetic parameters were known and one with real data, with weights at birth and at weaning of Santa Inês breed from Embrapa Goats and Sheep. In both cases, the datas were analyzed in four ways: 1) with full pedigree, as available (MPC); 2) ignoring the full knowledge of parents (MDP); 3) using multiple sires and the average numerator of the relationship matrix (NMMP); and 4) using multiple sires and hierarchical model (MH). Analyses were performed with Bayesian procedures with the technique of Markov Chain Monte Carlo (MCMC). For all models, MCMC chains of 1,100,000 cycles, after burn-in period of 400,000 cycles, with sampling period every 10 cycles were used. The NMMP and MH models were compared by the Deviance Information Criteria (DIC) and Pseudo Bayes Factor (PBF). The differences in the estimates of the breeding values and in the ranking of animals between the models were verified by correlations (Pearson and Spearman). For both the simulated data as to the real data, MH model was slightly higher than NMMP model, according to DIC and PBF criteria. However, no significant differences were observed between these two models, for the estimation of genetic parameters and the ranking and identification of the best rams. In the case of real data, depending on the structure of the data available, models with multiple sires were not efficient in estimating the breeding values for maternal effects, although there have been no different estimates between models for the genetic parameters of this effect ((co) variance and heritability). This may have occurred because the heritability estimated for the maternal effect was practically zero. The results confirmed that the genetic evaluation models with use of multiple sires, who consider paternity uncertain, are efficient to estimate genetic parameters and rank the best rams in sheep flocks with community pastoral characteristics. Despite the best fit of the data by MH, both models were similar to the estimates and may be considered in genetic evaluations. Muitos rebanhos ovinos no mundo são criados de forma coletiva, de maneira comunitária, em que animais de diversos proprietários pastejam juntos. Estas condições dificultam ou impossibilitam a identificação da paternidade das crias, uma vez que vários reprodutores e matrizes podem se acasalar sem nenhum controle ou registro zootécnico. Essa prática inibe a obtenção de avaliações genéticas acuradas com uso do modelo animal. Por isso, propõe-se aqui avaliar a eficiência do uso de dois métodos, o do modelo animal hierárquico (MH) e do numerador médio da matriz de parentesco (NMMP), na estimativa dos parâmetros genéticos e dos valores genéticos de ovinos, com incerteza de paternidade em que há acasalamentos na presença de múltiplos reprodutores. Os métodos foram comparados em duas situações, uma com uma característica simulada com variância fenotípica de 7,5 kg2, média de 14,5 kg e herdabilidade de 0,30, de forma que se conheciam os parâmetros genéticos verdadeiros e outra com dados reais, de pesos ao nascimento e ao desmame da raça Santa Inês da Embrapa Caprinos e Ovinos. Nas duas situações, os dados foram analisados de quatro formas: 1) com o pedigree completo, conforme disponível (MPC); 2) ignorando o total conhecimento dos pais (MDP); 3) com uso de múltiplos reprodutores e numerador médio da matriz de parentesco (NMMP); e, 4) com uso de múltiplos reprodutores e modelo hierárquico (MH). As análises foram realizadas com procedimentos Bayesianos com a técnica de Monte Carlo via Cadeias de Markov (MCMC). Utilizaram-se cadeias únicas de 1.100.000 iterações com descarte amostral das primeiras 400.000 cadeias e período de amostragem a cada 10 iterações. Os modelos NMMP e MH foram comparados pelos critérios do desvio de informação (DIC) e pseudo fator de Bayes (PBF). As diferenças nas estimativas dos valores genéticos e na classificação dos animais entre os modelos foram verificadas por meio de correlação (Pearson e Spearman). Tanto para os dados simulados quanto para os dados reais, o modelo MH foi ligeiramente superior ao modelo com NMMP, de acordo com os critérios DIC e PBF. Entretanto, não foram verificadas diferenças significativas entres estes dois modelos, na estimativa de parâmetros genéticos e classificação e identificação dos melhores reprodutores. No caso dos dados reais, em função da estrutura dos dados disponíveis, os modelos com múltiplos reprodutores não foram eficientes em estimar os valores genéticos dos animais para os efeitos maternos, apesar de não ter havido estimativas diferentes entre os modelos para os parâmetros genéticos deste efeito ((co)variâncias e herdabilidades). Isso pode ter ocorrido porque as estimativas de herdabilidade para o efeito materno foram praticamente nulas. Os resultados confirmaram que os modelos de avaliação genética com uso de múltiplos reprodutores, que consideram a incerteza de paternidade, são eficientes para estimar parâmetros genéticos e classificar reprodutores superiores em rebanhos ovinos com características pastorais comunitárias. Apesar do melhor ajuste dos dados pelo MH, ambos os modelos foram similares para as estimativas e podem ser considerados nas avaliações genéticas.
Databáze: OpenAIRE
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