Study of resistance mutations to treatment with direct action drugs in patients infected with hepatitis C virus genotype 3

Autor: Campos, Guilherme Rodrigues Fernandes
Přispěvatelé: Universidade Estadual Paulista (Unesp), Rahal, Paula [UNESP], Oliva, Cintia Bittar [UNESP]
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2020
Předmět:
Zdroj: Repositório Institucional da UNESP
Universidade Estadual Paulista (UNESP)
instacron:UNESP
Popis: Submitted by Guilherme Rodrigues Fernandes Campos (guilherme.campos@unesp.br) on 2020-08-04T19:34:38Z No. of bitstreams: 1 Tese Guilherme Campos - Versão final.pdf: 4415534 bytes, checksum: 349dd5b05a41d183597485d905cbd311 (MD5) Rejected by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: 01 – Você colocou o ofício de encaminhamento à FAPESP no arquivo do Repositório, a norma não contempla inserção de ofícios, é realmente necessário? É solicitação da Fapesp ? 02 – Na CAPA não é necessário colocar: PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM MICROBIOLOGIA 03 – No rodapé da CAPA colocar (sem o –SP): São José do Rio Preto 2020 04 – A data de defesa nos metadados está 01/07/2020 e no seu trabalho está 22/06/2020, qual seria a data correta? 05 - Informamos que é imprescindível que coloque a Ficha Catalográfica(obrigatória segundo a ABNT NBR 14724), gerada pelo sistema. Você poderá elaborar a sua ficha acessando o Sistema Gerador de Fichas Catalográficas online; https://www.ibilce.unesp.br/#!/biblioteca/servicos-oferecidos/normalizacao/ficha-catalografica/ 06 - Nos metadados você cita além da FAPESP também a CAPES, se você recebeu auxílio/bolsa destas instituições deve colocar o nome delas também na Folha de rosto e aprovação. EX: Financiadora : FAPESP – Proc: 2016/03807-0 - 2018/04678-5 CAPES E segundo a Portaria CAPES nº 206, de 4 de setembro de 2018, todos os trabalhos que tiveram financiamento/BOLSA CAPES deve constar nos agradecimentos a expressão EXATA: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001". 07 – Falta o SUMÁRIO (obrigatória segundo ABNT NBR 14724, 6023 e 6024) 08 - A paginação deve ser sequencial, iniciando a contagem na folha de rosto e mostrando o número a partir da introdução, e na ficha catalográfica o número de páginas deve ser igual ao número da última página do trabalho. 09 - Ilustrações e tabelas: a norma orienta que devem ter a descrição da fonte abaixo delas, mesmo que seja produção do autor.(ABNT NBR 14724). 10 - Os ANEXOS elementos pós-textuais e devem ser inseridos após as Referências e identificados por letra maiúscula sendo necessário também escrever o título. Ex: REFERÊNCIAS.......................................................................102 ANEXO A - Título..................................................................105 ANEXO B - Título..................................................................124 Sugerimos que siga as orientações do template para as correções, na página da Biblioteca, link: https://www.ibilce.unesp.br/#!/biblioteca/servicos-oferecidos/normalizacao/estrutura-do-trabalho-academico/ Lembramos que o arquivo depositado no Repositório deve ser igual ao impresso, o rigor com o padrão da Universidade se deve ao fato de que o seu trabalho passará a ser visível mundialmente. Agradecemos a compreensão on 2020-08-05T17:47:56Z (GMT) Submitted by Guilherme Rodrigues Fernandes Campos (guilherme.campos@unesp.br) on 2020-08-12T15:30:21Z No. of bitstreams: 1 Tese Guilherme Campos - Versão final.pdf: 4415534 bytes, checksum: 349dd5b05a41d183597485d905cbd311 (MD5) Rejected by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: 01 – Você colocou o ofício de encaminhamento à FAPESP no arquivo do Repositório, a norma não contempla inserção de ofícios, é realmente necessário? É solicitação da Fapesp ? 02 – Na CAPA não é necessário colocar: PROGRAMA DE PÓS-GRADUAÇÃO EM MICROBIOLOGIA 03 – No rodapé da CAPA colocar (sem o –SP): São José do Rio Preto 2020 04 – A data de defesa nos metadados está 01/07/2020 e no seu trabalho está 22/06/2020, qual seria a data correta? 05 - Informamos que é imprescindível que coloque a Ficha Catalográfica(obrigatória segundo a ABNT NBR 14724), gerada pelo sistema. Você poderá elaborar a sua ficha acessando o Sistema Gerador de Fichas Catalográficas online; https://www.ibilce.unesp.br/#!/biblioteca/servicos-oferecidos/normalizacao/ficha-catalografica/ 06 - Nos metadados você cita além da FAPESP também a CAPES, se você recebeu auxílio/bolsa destas instituições deve colocar o nome delas também na Folha de rosto e aprovação. EX: Financiadora : FAPESP – Proc: 2016/03807-0 - 2018/04678-5 CAPES E segundo a Portaria CAPES nº 206, de 4 de setembro de 2018, todos os trabalhos que tiveram financiamento/BOLSA CAPES deve constar nos agradecimentos a expressão EXATA: "O presente trabalho foi realizado com apoio da Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - Brasil (CAPES) - Código de Financiamento 001". 07 – Falta o SUMÁRIO (obrigatória segundo ABNT NBR 14724, 6023 e 6024) 08 - A paginação deve ser sequencial, iniciando a contagem na folha de rosto e mostrando o número a partir da introdução, e na ficha catalográfica o número de páginas deve ser igual ao número da última página do trabalho. 09 - Resumos: a correta grafia é Keywords, iniciar cada palavra-chave (português e inglês) com maiúscula e separa-las com ponto. 10 - Ilustrações e tabelas: a norma orienta que devem ter a descrição da fonte abaixo delas, mesmo que seja produção do autor.(ABNT NBR 14724). 11 - Os ANEXOS elementos pós-textuais e devem ser inseridos após as Referências e identificados por letra maiúscula sendo necessário também escrever o título. Ex: REFERÊNCIAS.......................................................................102 ANEXO A - Título..................................................................105 ANEXO B - Título..................................................................124 12 – Solicitamos corrigir a numeração das páginas do segundo anexo devem seguir a sequencia. Sugerimos que siga as orientações do template para as correções, na página da Biblioteca, link: https://www.ibilce.unesp.br/#!/biblioteca/servicos-oferecidos/normalizacao/estrutura-do-trabalho-academico/ Lembramos que o arquivo depositado no Repositório deve ser igual ao impresso, o rigor com o padrão da Universidade se deve ao fato de que o seu trabalho passará a ser visível mundialmente. Agradecemos a compreensão on 2020-08-12T18:02:06Z (GMT) Submitted by Guilherme Rodrigues Fernandes Campos (guilherme.campos@unesp.br) on 2020-08-13T17:50:52Z No. of bitstreams: 1 Tese Guilherme Campos - Versão final repositório.pdf: 4372984 bytes, checksum: 63a850cd869292e0538e8b49a1f01778 (MD5) Rejected by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: 01 – Na ficha catalográfica faltou colocar a quantidade de folhas do trabalho e também saiu cortada na parte inferior, caso seja necessário diminuir o tamanho da fonte (8) para não ultrapassar a dimensão da ficha. 02 – Nos agradecimentos a FAPESP faltou colocar o processo 2018/04678-5. 03 - A ordem correta das páginas pré-textuais (capa, folha de rosto, ficha catalográfica, folha de aprovação, dedicatória, agradecimentos, epígrafe, resumo na língua vernácula, resumo em língua estrangeira, listas de ilustrações, de tabelas, de abreviaturas, de siglas e de símbolos e sumário. Solicitamos retirar do SUMÁRIO a indicação de Resumo e Abstracts; a segundo a norma ABNT NBR 6027 os elementos pré-textuais não devem constar no sumário. 04 - Solicitamos adequar o Sumário conforme as normas ABNT NBR 6027 e 6024, seguindo as numerações progressivas para as seções do trabalho. 05 - A paginação deve ser sequencial, iniciando a contagem na folha de rosto e mostrando o número a partir da introdução, e na ficha catalográfica o número de páginas deve ser igual ao número da última página do trabalho. 06 – A última folha está em branco, o arquivo não deve conter páginas em branco. Sugerimos que siga as orientações do template para as correções, na página da Biblioteca, link: https://www.ibilce.unesp.br/#!/biblioteca/servicos-oferecidos/normalizacao/estrutura-do-trabalho-academico/ Lembramos que o arquivo depositado no Repositório deve ser igual ao impresso, o rigor com o padrão da Universidade se deve ao fato de que o seu trabalho passará a ser visível mundialmente. Agradecemos a compreensão on 2020-08-13T19:42:16Z (GMT) Submitted by Guilherme Rodrigues Fernandes Campos (guilherme.campos@unesp.br) on 2020-08-17T16:45:58Z No. of bitstreams: 1 Tese Guilherme Campos - Versão final repositório.pdf: 4371643 bytes, checksum: 1448fa8c658fbf032c441f6120034e0f (MD5) Rejected by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br), reason: Solicitamos que realize correções na submissão seguindo as orientações abaixo: 01 - Solicitamos adequar o Sumário conforme as normas ABNT NBR 6027 e 6024, seguindo as numerações progressivas para as seções do trabalho, o título das seções também deve ser adicionado, não deve constar apenas como Capítulo. Ex: 1.6 REFERÊNCIAS ................................................................................................................. 31 2. Capítulo II - Selection dynamics of HCV genotype 3 resistance associated substitutions under daclatasvir and sofosbuvir therapy pressure in a real Brazilian cohort ……............................. 44 2.1 ABSTRACT ...................................................................................................................... 46 02 - Os ANEXOS elementos pós-textuais e devem ser inseridos após as Referências e identificados por letra maiúscula sendo necessário também escrever o título, mas sem a numeração indicando seção. Ex: Anexo A - In-frame Opal stop codon presence at hepatitis C virus genotype 3 NS5A protein is not determinant for premature translation interruption ...................................................... 109 Anexo B - Baseline resistance associated substitutions in HCV genotype 1 infected cohort treated with Simeprevir, Daclatasvir and Sofosbuvir in Brazil ............................................... 128 Sugerimos que siga as orientações do template para as correções, na página da Biblioteca, link: https://www.ibilce.unesp.br/#!/biblioteca/servicos-oferecidos/normalizacao/estrutura-do-trabalho-academico/ Lembramos que o arquivo depositado no Repositório deve ser igual ao impresso, o rigor com o padrão da Universidade se deve ao fato de que o seu trabalho passará a ser visível mundialmente. Agradecemos a compreensão on 2020-08-18T18:35:14Z (GMT) Submitted by Guilherme Rodrigues Fernandes Campos (guilherme.campos@unesp.br) on 2020-08-18T22:03:20Z No. of bitstreams: 1 Tese Guilherme Campos - Versão final repositório.pdf: 4370847 bytes, checksum: ae7f7e22b54b0730cc10fd819071122c (MD5) Approved for entry into archive by Elza Mitiko Sato null (elzasato@ibilce.unesp.br) on 2020-08-19T23:47:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 campos_grf_dr_sjrp.pdf: 4371170 bytes, checksum: 7d22f258d99f59782046c707ffca5397 (MD5) Made available in DSpace on 2020-08-19T23:47:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 campos_grf_dr_sjrp.pdf: 4371170 bytes, checksum: 7d22f258d99f59782046c707ffca5397 (MD5) Previous issue date: 2020-07-01 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) O tratamento do HCV com antivirais de ação direta (DAAs) resulta em uma resposta virológica sustentada (RVS) que varia de acordo com o genótipo viral. Dentre os genótipos, o genótipo 3 é o segundo mais prevalente no Brasil e o que apresenta a menor RVS. É o responsável por quase 24% dos casos de infecção no país e a literatura possui poucos dados que expliquem essa menor resposta e maior taxa de escape ao tratamento. Dessa forma, o objetivo deste estudo foi analisar os vírus do genótipo 3 circulantes em pacientes brasileiros, sob tratamento com Daclatasvir (DCV) e/ou Sofosbuvir (SOF), para analisar mutações já descritas associadas à resistência e identificar novas mutações que confiram resistência dentro da NS5A e NS5B, investigando in vitro o comportamento dessas substituições. Dos pacientes inclusos no trabalho, a taxa de recidiva foi de 11,9%, onde a falha no tratamento foi relacionada com diversos fatores, e a presença de mutações associadas à resistência foi um deles. Mutações de resistência descritas na literatura foram observadas para a NS5A nos sítios 30, 62 e 93, onde o último apresentou mutações somente após a administração medicamentosa, indicando uma possível ação da pressão seletiva. Para a NS5B, as substituições foram detectadas nas posições 159, 421 e 554, onde somente a primeira foi mantida após o tratamento. Entre as mutações não conhecidas, S98G se mostrou promissora devido a sua alta frequência em pacientes recidivantes, antes e após o tratamento. As análises in vitro revelaram que S98G apresenta efeito compensatório na replicação viral, sem fenótipo de resistência quando isolada, mas quando presente em conjunto com Y93H, aumentou ainda mais a resistência ao DCV. Utilizando uma nova abordagem in vitro a partir da clonagem do domínio I da NS5A proveniente das amostras clínicas, mutações descritas e não descritas foram selecionadas pela pressão do tratamento com DCV. Os resultados desse estudo abrem possibilidades para compreender um pouco melhor o comportamento viral durante o tratamento, além de entender melhor a dinâmica de seleção de mutações. Dessa forma é possível mapear a frequência de circulação de mutações descritas na literatura e descrever possíveis novas mutações de resistência, delineando assim estratégias terapêuticas mais seguras para evitar o escape do tratamento. The HCV treatment with direct acting antivirals (DAAs) results in a sustained virological response (SVR) that varies according to the viral genotype. Among all genotypes, genotype 3 is the second most prevalent in Brazil and the one that presents the lowest SVR. It is responsible for almost 24% of infected cases in the country, and literature does not have enough data that can explain this lower response and higher treatment failure rate. Thus, the aim of this study was to analyze genotype 3 viruses circulating in Brazilian patients, under treatment with Daclatasvir (DCV) and/or Sofosbuvir (SOF), to observe resistance associated substitutions (RAS) already described in literature and to identify novel mutations that could confer resistance inside NS5A and NS5B, investigating the in vitro behavior of these substitutions. Among the patients included in this work, the relapse rate was 11.9%, where the treatment failure was related with many factors, and RAS presence was one of them. Described RAS were observed inside NS5A in the sites 30, 62 and 93, where the last one presented mutations only after drug administration, indicating a possible selective pressure. For NS5B, substitutions were detected in positions 159, 421 and 554, where only the first one was maintained after treatment. Regarding undescribed mutations, S98G showed promising data due to its high frequency in relapsing patients, before and after treatment. In vitro analysis revealed that S98G presents a compensatory effect on viral replication, with no resistance phenotype when isolated, but when present concomitantly with Y93H, led to an increasing on resistance to DCV. Using a brand new in vitro tool, based on cloning of NS5A domain I derived from clinical samples, described RAS and undescribed novel mutations were selected after DCV selective pressure. The results of this study enable the comprehension of viral behavior under DAA treatment, leading to a better understanding on the dynamics of RAS selection. These approaches enable the frequency mapping of already known RAS and the description of possible novel resistance associated mutations, designing safer treatment strategies to avoid treatment failure. FAPESP: 2016/03807-0 FAPESP: 2018/04678-5 CAPES: 001
Databáze: OpenAIRE
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