Characterization of antimicrobial resistance mechanisms harbored by Enterobacteriaceae isolated from chicken carcass available in Rio de Janeiro retail markets

Autor: Matos, Jorge Gonçalo Caldeira Nunes de
Přispěvatelé: Queiroz, Mara Lucia Penna, Freitas-almeida, Angela Corrêa de, Andrade, Joao Ramos Costa, Merquior, Vania Lucia Carreira, Assef, Ana Paula D'alincourt Carvalho
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2017
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da UERJ
Universidade do Estado do Rio de Janeiro (UERJ)
instacron:UERJ
Popis: Submitted by Boris Flegr (boris@uerj.br) on 2021-01-07T15:13:25Z No. of bitstreams: 1 Jorge Goncalo Caldeira Nunes de Matos Tese completa.pdf: 6445705 bytes, checksum: bad9c928a03c7ef40a9289b9a5c4d9cc (MD5) Made available in DSpace on 2021-01-07T15:13:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jorge Goncalo Caldeira Nunes de Matos Tese completa.pdf: 6445705 bytes, checksum: bad9c928a03c7ef40a9289b9a5c4d9cc (MD5) Previous issue date: 2017-12-04 Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior Chicken meat is one of the most consumed meat products worldwide and it has shown an increase in Brazil. Therefore, it is paramount to understand the consequences to public health derived from the consumption of this commodity. The existence of Enterobacteriaceae in chicken meat is common and Brazilian legislation allow a total of 104 Most Probable Number (MPN) per gram of food for total coliforms in chicken meat in retail. Furthermore, strains of Enterobacteriaceae in chicken meat harbouring antimicrobial resistance genes is a well reported fact, although a detailed information regarding which resistance mechanisms are present in these bacteria and how are their genetic elements disseminated to humans and other bacteria is still lacking. Hence, the present study aimed to fill in a missing knowledge regarding antimicrobial resistance in chicken meat in retail markets and assess the microbial quality of this commodity available to all population living in Rio de Janeiro city. It was collected 45 frozen chicken carcasses (samples) from two supermarkets in Vila Isabel and one in Tijuca neighbourhoods. To determine the total and faecal coliform levels existent in the carcasses it was applied the MPN technique. The isolation of Enterobacteriaceae from all the carcasses collected was also performed, using bacteriology techniquesTo identify the Enterobacteriaceae species isolated was used Matrix Assisted Laser Desorption/ Ionization Time of Flight Mass Spectrometry (MALDI-TOF MS) and Antimicrobial Susceptibility Testing (TSA) was performed to determine the susceptibility of all the isolated strains to the 27 antimicrobial drugs tested. By Polymerase Chain Reaction (PCR) were identified some resistance genes and some plasmid families were identified in all strains. Additionally, E. coli strains were submitted to molecular typing by Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) and their phylogenetic group was determined by PCR. All the chicken carcasses complied with Brazilian legislation (RDC No 12/2001). From the 45 samples there were isolated 157 Enterobacteriaceae strains comprising 9 genera and 12 species with E. coli as the most prevalent species. From all isolated strains, 94,3% were non-susceptible to at least one antimicrobial drug and 31,8% were multidrug-resistant (MDR). The most prevalent genes detected was qnrB and the most common plasmid families were IncB/O and IncI1. Chicken meat available in Rio de Janeiro retail markets presents a great variety of Enterobacteriaceae species harbouring several resistance mechanisms, hence, this commodity should receive serious consideration from producers, legislators and consumers. A carne de frango é um dos alimentos mais consumidos no mundo e no Brasil o seu consumo tem aumentado. Por esta razão se julga crucial um profundo conhecimento das consequências para a saúde publica do consumo desse alimento. Sabe-se que a existência de cepas de enterobactérias na carne de frango é comum e a legislação brasileria permite um valor de 104NMP/g de coliformes termotolerantes na carne de frango. Adicionalmente, cepas de enterobactérias possuindo mecanismos de resistência nesta comodidade é um fato já bem relatado. No entanto, um conhecimento sobre os determinantes de mecanismos de resistência existentes em enterobactérias neste alimento e qual a capacidade de disseminação desses determinantes, é ainda pouco estudado, principalmente em países de média/baixa renda. Posto isto, este estudo teve por objetivo estudar a resistência antimicrobiana em enterobactérias presentes neste alimento, além de determinar a qualidade microbiológica da carne de frango disponível no varejo do Rio de Janeiro. Foram coletadas 45 carcaças de frango (amostras) em 3 mercados, dois de Vila Isabel e um da Tijuca e o nível de coliformes totais e termotolerantes presentes nessas amostras foi obtido através da técnica do NMP. A técnica de espectrometria de massa (MALDI-TOF) foi utilizada para identificar as espécies existentes nessas amostras e através do teste de susceptibilidade aos antimicrobianos (TSA) foi possível determinar a susceptibilidade a 27 antimicrobianos. Posteriormente, técnicas moleculares, permitiram determinar os genes de resistência presentes nas cepas e identificar algumas das famílias de plasmídeos existentes. Complementarmente, as cepas de E. coli foram submetidas a tecnica Pulsed-Field Gel Electrophoresis (PFGE) para determinar sua relação genética. Todas as 45 amostras estavam em conformidade com a legislação brasileira (RDC Nº 12/2001). Foram identificadas 157 cepas de enterobactérias de 9 gêneros e 12 espécies, sendo a espécie prevalente a E. coli. Da totalidade de cepas isoladas, 94,3% apresentou não susceptibilidade a pelo menos um antimicrobiano, sendo 31,8% MDR. O gene prevalente foi o qnrB e as famílias de plasmideos IncB/O e IncI1. A carne de frango a venda no varejo no Rio de Janeiro apresenta uma grande variabilidade de enterobactérias carreando uma vasta gama de determinantes de resistência, demonstrando assim a necessidade de uma atenção especial voltada para este alimento por parte de produtores, legisladores e consumidores.
Databáze: OpenAIRE
Externí odkaz: