Clinical application of exome sequencing : use and evaluation in the context of Brazilian Public Health System

Autor: Prota, Joana Rosa Marques, 1981
Přispěvatelé: Lopes-Cendes, Íscia Teresinha, 1964, Fachini, Lavinia Schüler, Melo, Débora Gusmão, Maurer-Morelli, Cláudia Vianna, Vieira, Tarsis Antonio Paiva, Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas, Programa de Pós-Graduação em Fisiopatologia Médica, UNIVERSIDADE ESTADUAL DE CAMPINAS
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2021
Předmět:
Zdroj: Biblioteca Digital de Teses e Dissertações da Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP)
instacron:UNICAMP
Popis: Orientador: Íscia Teresinha Lopes Cendes Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas Resumo: Os gastos crescentes dos sistemas de saúde ao redor do mundo têm sido alvo de preocupação de gestores, profissionais de saúde e usuários. A incorporação de novas tecnologias aos exames complementares é um dos fatores responsáveis por este fenômeno e a oneração dos sistemas de saúde per se não necessariamente representa melhorias diagnósticas ou terapêuticas. Diante deste impasse e na tentativa de promover o uso racional dos recursos disponíveis surgiram os estudos de avaliação de tecnologias em saúde, dentre eles as análises de custo-efetividade. Na área da genômica, o advento do sequenciamento de nova geração propiciou a redução dos custos de sequenciamento e por conseguinte viabilizou a ampliação de abordagens genômicas com finalidades diagnósticas - antes utilizadas apenas como ferramentas de pesquisa, neste cenário destaca-se a aplicação clínica do sequenciamento do exoma. A proposta deste trabalho é avaliar a aplicabilidade, o rendimento diagnóstico e a custo-efetividade do sequenciamento do exoma na investigação diagnóstica de diferentes condições determinadas geneticamente, no âmbito do sistema público de saúde e em conformidade com a Política Nacional de Gestão de Tecnologias em Saúde, além de conhecer a opinião de pacientes, familiares, estudantes e profissionais de saúde a respeito de questões relacionadas à aplicação da genômica na prática clínica. Frente a esta perspectiva, após aconselhamento genético pré-teste, foi sequenciado o exoma de 71 indivíduos sem diagnóstico etiológico estabelecido, com rendimento diagnóstico variando entre 35% e 55,1%, na dependência do quadro clínico apresentado pelo grupo de pacientes. Foram reportados achados incidentais relacionados a risco cardiovascular aumentado em 2 casos (4,08%). O inquérito composto pela opinião de 57 profissionais e estudantes de saúde revelou que a maioria deles acredita que a busca por achados secundários passíveis de uma intervenção médica deve ser oferecida aos pacientes, além de concordar em partilhar os resultados de teste genômicos em bancos de dados públicos. Foi elaborado parecer técnico-científico contendo estudo de custo-efetividade que comparou o uso do exoma como teste diagnóstico de primeira linha para investigação diagnóstica de déficit intelectual sem causa determinada versus a hibridização genômica em arrays como primeiro exame, a comparação mostra uma economia de R$ 130,04 por caso diagnosticado com o uso inicial do exoma, considerando um modelo de árvore de decisão simples com dois braços (exoma + array X array + exoma), as análises de sensibilidade que variam o custo dos exames e o rendimento diagnóstico dos mesmos confirmam que nenhuma das duas tecnologias isoladamente é dominante sobre a outra. O parecer técnico-científico foi submetido à CONITEC, com recomendação favorável ao uso diagnóstico do exoma para deficiência intelectual de causa indeterminada, que culminou com a incorporação da tecnologia no SUS Abstract: Increasing health care spending worldwide has been a concern of health-care officials, health professionals, and patients. The incorporation of new technologies for diagnostic tests is only one of the causal factors of this phenomenon, leading to a significant increase in health care spending. However, this increased budget for health care systems alone does not necessarily represent diagnostic or therapeutic improvements. Thus, health technology assessment studies, including cost-effectiveness analysis, have emerged to promote the rational use of available resources. In genomic medicine, next-generation sequencing reduced sequencing costs and expanded genomic approaches for diagnostic purposes, especially the clinical applications of whole-exome sequencing, which was previously used only as a research tool. This study aims to evaluate exome sequencing as diagnostic testing for different genetically determined conditions in the context of the Brazilian public healthcare system and under the National Policy on Health Technology Management, in addition to know the opinion of patients, family members, students and health professionals regarding issues related to the application of genomics in clinical practice. Whole-exome sequencing was performed in 71 individuals without established etiological diagnosis resulting in an overall diagnostic yield ranging from 35% to 55.1%, depending on the clinical presentation of patients. There were also incidental findings related to increased cardiovascular risk found in 2 patients (4.08%). Furthermore, a survey of the opinion of 57 health professionals and students revealed that most of them agree with the search and the report of incidental findings in medically actionable genes in the context of molecular testing applied to the clinical practice. They also agree with genomic data sharing in public databases. Finally, a technical-scientific report was prepared, containing a cost-effectiveness study that compared the use of whole-exome sequencing as a first-line diagnostic test to investigate intellectual disability versus chromosomal microarray as the first testing. The comparison shows an economy of R$ 130.04 per diagnosed patient when whole-exome sequencing is used first. However, sensitivity analyses, evaluating genetic testing costs and diagnostic yield of these tests indicate that both technologies are comparable. The technical-scientific report, with a favorable recommendation for the diagnostic use of exome sequencing for intellectual disability, culminated in the incorporation of the new technology into the Brazilian public health system – SUS Doutorado Fisiopatologia Médica Doutora em Ciências FAPESP 2013/07559-3
Databáze: OpenAIRE
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