Estudos computacionais dos ácidos cafeoylquínicos da própolis verde brasileira e seu potencial anti-viral contra a SARS-CoV-2 Mpro

Autor: Gonçalves, Carolina Passarelli, Marcucci, Maria Cristina, Rocha, Oseraldo Vieira, Utuari, Carla Lino Cancian, Fortunato, Célia Regina Martinez, Souza, Garcia Ferreira de, Farias, Aíris
Jazyk: angličtina
Rok vydání: 2022
Předmět:
Zdroj: Research, Society and Development; Vol. 11 No. 15; e359111536917
Research, Society and Development; Vol. 11 Núm. 15; e359111536917
Research, Society and Development; v. 11 n. 15; e359111536917
Research, Society and Development
Universidade Federal de Itajubá (UNIFEI)
instacron:UNIFEI
ISSN: 2525-3409
Popis: Purpose: The present study evaluated the following caffeoylquinic acids, Neochlorogenic acid (3-CQA), Cryptochlorogenic acid (4-CQA), Chlorogenic Acid (5-CQA), Isochlorogenic acid A (3,5-DCQA) Isochlorogenic acid B (3,4-DCQA) and Isochlorogenic acid C (4,5-DCQA) found in Brazilian green propolis, regarding its physicochemical, pharmacokinetic and conformational characteristics. Additionally, the compounds were explored on the efficacy of inhibiting the pharmacological target SARS-CoV-2 Mpro, a protein involved in SARS-Cov-2 infection. Methods: The physicochemical and pharmacokinetic proprieties were obtained from the projected 2D structures of the respective compounds. The conformational characteristics were obtained from the three-dimensional models were subjected to geometric optimization by molecular mechanics under MMFF94 force field, subsequently, the calculation of partial atomic charges by employing AM1 semi-empirical methodology was performed. Molecular docking was performed, and the protein was loaded in PDB Data Bank (PDB ID 6LU7). Results: The physicochemical and pharmacokinetic results indicate that these phytochemicals have from medium to low potential for gastrointestinal tract absorption, principally in relation to the LogP values, and violated some druglikeness’ criteria. However molecular docking showed that the compounds 3-CQA, 4-CQA, 5-CQA, 3,5-DCQA, 3,4-DCQA and 4,5-DCQA potentially binds with the active site of the SARS-CoV-2 Mpro, through stables complexes, with a docking score of -6.44, -6.11, -6.48, -6.26, -7.01 and -7.40 kcal/mol, respectively. Conclusion: The physicochemical and pharmacokinetic parameters, as well as Hydrogen-bond formation, energy landscape, indicate that the compound with the greatest therapeutic potential are 5-CQA, 3,4-DCQA and 4,5-DCQA however this study necessitates further in vitro and in vivo experimental validation. Objectivo: El presente estudio evaluó los siguientes estudios cafeoilquínicos, Ácido Neoclorogénico (3-CQA), Ácido Criptoclorogénico (4-CQA), Ácido Clorogénico (5-CQA), Ácido Isoclorogénico A (3,5-DCQA) ácido isoclorogénico B (3,4-DCQA) e ácido isoclorogénico C (4,5-DCQA) encontrados en propóleo verde brasileño, en cuanto a sus características fisicoquímicas, farmacocinéticas y conformacionales. Además, se estudió la acción farmacológica de los compuestos similar a la del SARS-CoV-2 Mpro e una proteína relacionada con la infección por el SARS-CoV-2. Metodos: Se presentaron métodos químicos y farmacocinéticos basados en las estructuras de los proyectos: Las propiedades físicas e los métodos farmacocinéticos se basaron en las estructuras de los proyectos de los respectivos compuestos. Como los modelos de tensión molecular se realizaron a partir de modelos triómicos, se realizaron a partir de modelos triómicos, bajo modelos moleculares, se realizaron a partir de modelos triómicos, modelos moleculares, se realizaron a partir de modelos mecánicos semiparciales, se realizaron a partir de 4 modelos mecánicos semiparciales, se realizaron a partir de 4 modelos semiparciales modelos de mecanica Se realizó un análisis molecular e la proteína se cargó en el banco de datos PDB (PDB ID 6LU7). Resultados: Los resultados fisicoquímicos y cinéticos indican que estos fitoquímicos tienen un potencial farmacológico medio y bajo para la absorción en el tracto gastrointestinal, principalmente en relación con los valores de LogP, e violaron los criterios de similitud con los fármacos. Sin embargo, el molecular dio a conocer que los compuestos, 4-CQA, 5-CQA, 5-CQA, 3,5-DCQA, 3,4-DCQA e se unen al SARS-CoV-2 Mpro activo, a través de complejos estables, con el ajuste de -6,44, -6,11, -6,48, -6,26, -7,01 e -7,40 kcal/mol, respectivamente. Conclusión: La farmacocinética física, química y química, así como la formación de puentes de hidrógeno, carga energética, indican que los compuestos con mayor potencial terapéutico son el 5-CQA, 3,4-DCQA e 4,5-DCQA, pero este El estudio necesita una mayor validación experimental in vivo e in vitro. Objetivo: O presente estudo avaliou os seguintes ácidos cafeoilquínicos, ácido Neo-clorogênico (3-CQA), ácido Cripto-clorogênico (4-CQA), ácido Clorogênico (5-CQA), ácido Isoclorogênico A (3,5-DCQA) ácido isoclorogênico B (3,4-DCQA) e ácido isoclorogênico C (4,5-DCQA) encontrados na própolis verde brasileira, quanto às suas características físico-químicas, farmacocinéticas e conformacionais. Além disso, os compostos foram estudados quanto a ação farmacológica de tantativa de inibir o alvo SARS-CoV-2 Mpro, e uma proteína envolvida na infecção por SARS-Cov-2. Métodos: As propriedades físico-químicas e farmacocinéticas foram obtidas a partir das estruturas em projeto 2D dos respectivos compostos. As características conformacionais obtidas a partir dos modelos tridimensionais foram submetidas à otimização geométrica por mecânica molecular sob campo de força MMFF94, posteriormente foi realizado o cálculo das cargas atômicas parciais empregando a metodologia semi-empírica AM1. O encaixe molecular foi realizado e a proteína foi carregada no PDB Data Bank (PDB ID 6LU7). Resultados: Os resultados físico-químicos e farmacocinéticos indicam que esses fitoquímicos possuem potencial de médio a baixo para absorção no trato gastrointestinal, principalmente em relação aos valores de LogP, e violaram alguns critérios de druglikeness. No entanto, o docking molecular mostrou que os compostos 3-CQA, 4-CQA, 5-CQA, 3,5-DCQA, 3,4-DCQA e 4,5-DCQA potencialmente se ligam ao sítio ativo do SARS-CoV-2 Mpro , através de complexos de estábulos, com pontuação de docking de -6,44, -6,11, -6,48, -6,26, -7,01 e -7,40 kcal/mol, respectivamente. Conclusão: Os parâmetros físico-químicos e farmacocinéticos, assim como a formação de ligações de hidrogênio, carga energética, indicam que os compostos com maior potencial terapêutico são 5-CQA, 3,4-DCQA e 4,5-DCQA, porém este estudo necessita de mais validação experimental in vivo e in vitro.
Databáze: OpenAIRE
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