Effector repertoire of Phytophthora betacei : in search of possible virulence factors responsible for its host specificity
| Autor: | Rojas Estevez, Cindy Paola |
|---|---|
| Jazyk: | angličtina |
| Rok vydání: | 2021 |
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| Zdroj: | Séneca: repositorio Uniandes Universidad de los Andes instacron:Universidad de los Andes |
| Popis: | Phytophthora betacei is an oomycete plant pathogen closely related to Phytophthora infestans. It infects tree tomato (Solanum betaceum) in northern South America, but is, under natural conditions, unable to infect potatoes or tomatoes, the main hosts of its sister species P. infestans. We characterized, and compared the effector repertoires of P. betacei and other Phytophthora species. To this end, we used in silico approaches to predict and describe the repertoire of secreted proteins in Phytophthora species and determine unique and core effectors. P. betacei has the largest proteome and secretome of all Phytophthora species evaluated. We identified between 450 and 1933 candidate effector genes in P. ramorum, P. sojae, P. cactorum, P. parasitica, P. palmivora, P. infestans, and P. betacei genomes. The P. betacei predicted secretome contains 5653 proteins, 1126 of which are apoplastic effectors and 807cytoplasmic effectors. Phytophthora betacei es un patógeno vegetal oomiceto estrechamente relacionado con Phytophthora infestans. Infecta el tomate de árbol (Solanum betaceum) en el norte de Sudamérica, pero, en condiciones naturales, no puede infectar patatas o tomates, los principales hospedadores de su especie hermana P. infestans. Caracterizamos y comparamos los repertorios efectores de P. betacei y otras especies de Phytophthora. Con este fin, utilizamos enfoques in silico para predecir y describir el repertorio de proteínas secretadas en especies de Phytophthora y determinar efectores únicos y centrales. P. betacei tiene el proteoma y secretoma más grandes de todas las especies de Phytophthora evaluadas. Identificamos entre 450 y 1933 genes efectores candidatos en los genomas de P. ramorum, P. sojae, P. cactorum, P. parasitica, P. palmivora, P. infestans y P. betacei. El secretoma predicho de P. betacei contiene 5653 proteínas, 1126 de las cuales son efectores apoplásicos y 807 efectores citoplásmicos. Magíster en Biología Computacional Maestría |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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