Análise filogenética do circovírus suíno tipo 2 no Brasil

Autor: Juliana Amalia Fonte Boa do Nascimento
Přispěvatelé: Zelia Ines Portela Lobato, Marcelo Fernandes Camargos, Ernane Fagundes do Nascimento, Israel Jose da Silva, Alessandra Marnie Martins Gomes de Castro
Jazyk: portugalština
Rok vydání: 2009
Předmět:
Zdroj: Repositório Institucional da UFMG
Universidade Federal de Minas Gerais (UFMG)
instacron:UFMG
Popis: Foi realizado o estudo da diversidade genética do Circovírus Suíno do Tipo 2 (CVS-2), identificação e discriminação dos genogrupos baseados na sequência da ORF3 do CVS-2 de animais com sintomas clínicos das Síndromes Associadas à Circovirose Suína (SACS). Além da correlação das lesões histopatológicas observadas em animais com sinais clínicos compatíveis com a SACS e o Complexo das Doenças Respiratórias dos Suínos (CDRS). A amostragem do trabalho foi realizada com pool de extratos de tecidos linfóides e não linfóides de suínos oriundos de granjas dos estados de Mato Grosso, Goiás, Minas Gerais, Espírito Santo, São Paulo, Paraná, Santa Catarina e Rio Grande do Sul. As lesões macroscópicas foram descritas à necropsia e os fragmentos de órgãos linfóides e não linfóides foram submetidos ao isolamento e identificação de agentes coinfecciosos bacterianos, titulados para quantificação de vírus infeccioso além de processados e corados pela Hematoxilina e Eosina para avaliação histopatológica. Os principais achados histopatológicos foram folículos linfóides com depleção linfóide e infiltrado inflamatório histiocitário, pneumonia broncointersticial, nefrite intersticial linfohistiocitária multifocal. As lesões microscópicas foram classificadas em discretas, moderadas e severas e comparadas com o título infeccioso obtido em pool destes tecidos, e associadas ao estudo filogenético da ORF3 do Circovírus Suíno tipo 2 (CVS-2). As lesões macro e microscópicas e a frequência dos principais achados foram compatíveis com o descrito para animais com SACS. A avaliação microbiológica identificou 6% de Bordetella bronchiseptica, 7% de Escherichia coli, Actinobacillus pleuropneumoniae e Pasteurella multocida do tipo D, 10% de Haemophilus parasuis, 20% de Streptococcus suis e 23% de Pasteurella multocida do tipo A. A relação entre os achados histopatológicos e as coinfecções sugeriram associação entre CVS-2 e o Complexo de Doenças Respiratórias indicando efeito sinérgico na imunossupressão do hospedeiro pelos microorganismos. Todas as amostras foram submetidas à reação em cadeia da polimerase (PCR) para amplificação das regiões da ORF2 e ORF3 do CVS-2; os produtos de PCR obtidos foram purificados e sequenciados visando o estudo filogenético do vírus. Para a avaliação filogenética, as amostras foram submetidas ao alinhamento de nucleotídeos e aminoácidos e construção da árvore filogenética baseada no método de Neighbor Joining. Os resultados da avaliação filogenética da ORF2 do CVS-2 demonstraram que em todas as amostras estudadas o CVS-2 circulante pertencia ao grupo 1 e subgrupos 1A e 1B. A freqüência dos subgrupos foi marcada por uma grande diferença, pois, enquanto 88,5% das amostras foram classificadas no subgrupo 1A, apenas 11,5% foram classificadas no subgrupo 1B. O alinhamento das sequências da ORF3 permitiu dividir as amostras em três genogrupos: SG1, SG2 e SG3. Para a ORF3 foi realizada, ainda, a análise de pressão seletiva e filogeografia sendo possível observar seleção positiva com p0,95% nas posições 41, 102 e 104 da ORF3. A filogeografia possibilitou distinguir a distribuição das amostras nos três genogrupos e suas correlações. Os genogrupos SG1, SG2, SG3, foram distribuídos em 14 haplótipos. Foi observado o predomínio de SG3, uma vez que este genogrupo esta presente em todos os nove estados analisados, sendo considerado derivador devido a sua ampla dispersão. Além disso, foi possível determinar a presença de amostras pareadas dos genogrupos SG2 e SG3 num mesmo sitio de coleta, indicando a circulação de variantes diferentes na mesma propriedade em datas diferentes. A relação entre os genogrupos da ORF3 e a classificação do CVS-2 demonstrou que o SG1 e SG2 pertenciam ao subgrupo 1B enquanto o SG3 foi agrupado em 1A. The aims of this work were to study the genetic diversity of the porcine circovirus type 2 (PCV-2) and to identify and discriminate genogroups based on the ORF3 sequence from PCV-2 from animals with clinical signs of the Porcine Circoviruses Associated Disease (PCVAD). And also the study of the correlation between histopatologic lesions observed in animals with a compatible clinical signs of PCVAD and Porcine Respiratory Disease Complex (PRDC). The sampling consisted of lymphoid and non lymphoid tissue pools from swines from farms of the following Brazilian states: Mato Grosso, Goiás, Minas Gerais, Espirito Santo, São Paulo, Paraná, Santa Catarina and Rio Grande do Sul. The macroscopic lesions were described by the necropsy and lymphoid and non-lymphoid tissue fragments were submitted to isolation and identification of bacterial co-infections, virus titration as well as histopathological diagnosis was performed using hematoxylin-eosin stain. The main pathological findings were lymphoid follicles with lymphocyte depletion and histiocytic cell infiltration, bronco-interstitial pneumonia, interstitial nephritis with multifocal lymphohistiocytic inflammatory infiltrates. The microscopic lesions were classified in discrete, moderate and severe, evaluated with the viral load on tissue pool and associated with the phylogenetic analysis of the PCV2 ORF3 gene. The macroscopic and microscopic lesions and the frequence of main pathological findings were compatible with the description of animals with PCVAD clinical signs. The microbiological evaluation of the tissues samples recognized 6% of Bordetella bronchiseptica, 7% of Escherichia coli, Actinobacillus pleuropneumoniae and Pasteurella multocida type D, 10% of Haemophilus parasuis, 20% of Streptococcus suis and 23% of Pasteurella multocida type A. The relation between the histopatologic findings and the co-infections suggested association between the PCV-2 and PRDC, suggesting a synergic effect in the host immunosuppression by the microorganisms. All samples were submitted to the polymerase chain reaction (PCR) of ORF2 and ORF3 genes from PCV-2, PCR products were then purified and sequenced for phylogenetic analysis. A nucleotide and amino acid alignment was performed and the phylogenetic tree was constructed using the Neighbor Joining (NJ). The results showed that the circulating PCV-2 in all samples belonged to group 1, sub-groups 1A and 1B. The frequency of the subgroups was markedly different since 88.5% of the samples were classified as subgroup 1A, and only 11.5% belonged to subgroup 1B. The ORF3 sequence alignment enabled the divide of samples in three genogroups: SG1, SG2 and SG3. The selective pressure and phylogeographic analysis were also performed for ORF3. The selective pressure analysis showed positive selection in ORF3 gene at positions 41, 102 and 104 (p0.95%). The phylogeographic study enabled the distribution of the samples on SG1, SG2 and SG3 genogroups and correlations. The SG1, SG2, SG3 genogroups were distributed within 14 haplotypes. The SG3 was grouped sequences from the nine states and was considered to be the ancestral haplotype due its wide dispersion. The possibility of different variants circulating in the same farm at distinct dates was also evaluated. The detection of SG1, SG2 and SG3 genogroups in samples collected at distinct times from the same farm indicates the presence of PCV-2 variants circulating in different management systems in the Brazilian swine farms. The relation of the ORF3 genogroups and the classification of the PCV-2 demonstrated that SG1 and SG2 belonged to the sub-group 1B while the SG3 was grouped in 1A.
Databáze: OpenAIRE
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