Plantico, an R statistical analysis package for plant biometric parameters
| Autor: | Quintana, Silverio Andrés, Grossi, Cecilia Eugenia María, Espinoza, Rodrigo, Ulloa, Rita Maria |
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| Jazyk: | Spanish; Castilian |
| Rok vydání: | 2021 |
| Předmět: | |
| Zdroj: | CONICET Digital (CONICET) Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas instacron:CONICET |
| Popis: | Los estreses abióticos y bióticos impactan negativamente en el desarrollo de las plantas afectando diferentes parámetros biométricos (por ejemplo, la longitud del vástago o de la raíz) que pueden medirse a distintos tiempos de aplicado el estrés. Sin embargo, es fundamental realizar un adecuado análisis estadístico de los datos numéricos obtenidos para evaluar el efecto del estrés sobre la planta. Por este motivo, a través del uso del lenguaje R, se creó el paquete denominado “Plantico” que realiza el análisis de la varianza (ANOVA) y somete los datos a la prueba de Tukey. Además, permite obtener las gráficas de barra, de puntos, y diagrama de caja para los “t” días del ensayo. Para validar la utilidad del paquete se determinó la longitud de la raíz de plántulas de Arabidopsis crecidas en condiciones control (MS 0,5x) o expuestas a estrés salino (MS 0,5x +75 mM NaCl) u osmótico (MS 0,5x +100 mM manitol) durante 7 días. El análisis estadístico de los datos obtenidos y los gráficos correspondientes se procesaron con Plantico. Esta herramienta puede ser descargada y utilizada de manera gratuita y puede configurarse para incluir otras variables biométricas o diferentes tiempos de estudio. Plantico facilita el análisis estadístico y la visualización de los datos experimentales. Abiotic and biotic stresses negatively impact on plant development affecting biometric parameters, such as root or shoot length, that can be measured at different time points. An adequate statistical analysis of the data is required to evaluate the effect of each stress condition. Thus, Plantico, an open-source R statistical analysis package that performs the analysis of variance (ANOVA) followed by Tukey´s test, as well as the bar, line, and box plots at a given "t” time of the assay was created. An assay was conducted with Arabidopsis seedlings grown in vitro under control (MS 0.5x), saline (MS 0.5X + 75 mM NaCl) or osmotic (MS 0.5 x + 100 mM mannitol) conditions and root length was determined to validate this package. Statistical analysis of the data and the corresponding graphs were performed with Plantico. This tool can be downloaded and used for free and can be modified to include other biometric parameters and time points. Plantico is a user-friendly package that enables statistical analysis and the visualization of experimental data. Fil: Quintana, Silverio Andrés. Universidad Nacional de Asunción; Paraguay Fil: Grossi, Cecilia Eugenia María. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina Fil: Espinoza, Rodrigo. Universidad Nacional de Asunción; Paraguay Fil: Ulloa, Rita Maria. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Ciencias Exactas y Naturales. Departamento de Química Biológica; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Investigaciones en Ingeniería Genética y Biología Molecular "Dr. Héctor N. Torres"; Argentina |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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