| Popis: |
Amaç: Bu çalışma, Aydın İli ve Kuşadası balık halindeki balıkçılardan temin edilen karideslerden Vibrio parahaemolyticus varlığının belirlenmesi ve antibiyotiklere karşı duyarlılıklarının ortaya koyulması amacıyla yapılmıştır. Gereç ve Yöntem: Araştırma materyalini 2019 yılı Kasım-Aralık aylarında Aydın İli ve Kuşadası balık halinden toplanan 90 adet taze karides örneği oluşturmuştur. Karides örneklerinden geleneksel ve moleküler yöntemlerle V. parahaemolyticus izolasyonu yapılmış ve izolatların antibiyotiklere karşı duyarlılıkları disk difüzyon yöntemi ile araştırılmıştır. Bulgular: Karides örneklerinden (n=90) geleneksel yöntemle TCBS agarda 40 (%44,4) izolat V. parahaemolyticus şüpheli pozitif sonuç vermiştir. V. parahaemolyticus şüpheli 40 izolattan 11’i (%27,5) ise Real-Time PCR ile V. parahaemolyticus pozitif sonuç vermiştir. Pozitif sonuç veren 11 izolata disk difüzyon yöntemi ile antibiyotik duyarlılık testi uygulanmıştır. V. parahaemolyticus izolatlarının tamamı penisilin G (10 ünite) ve klindamisine (2 µg) %100 oranında dirençli bulunmuştur, diğer yandan piperasilin (100 µg), siprofloksasin (5 µg) ve gentamisine (10 µg) %90,9 oranında duyarlı bulunmuştur. Sonuç: Bu araştırma ile halk sağlığı açısından risk oluşturan V. parahaemolyticus’un karideslerden kış aylarında bile yüksek oranda izole edilebildiği ve V. parahaemolyticus izolatlarının bazı antibiyotiklere karşı duyarlılığı ortaya koyulmuştur. Anahtar kelimeler: Antibiyotik dirençlilik, Halk sağlığı, İdentifikasyon, Karides, Vibrio parahaemolyticus KABUL VE ONAY i TEŞEKKÜR ii İÇİNDEKİLER iii SİMGELER VE KISALTMALAR DİZİNİ vi ŞEKİLLER DİZİNİ ..ix RESİMLER DİZİNİ x TABLOLAR DİZİNİ xi ÖZET xii ABSTRACT…………………………………………………………………………………xiii 1. GİRİŞ 1 2. GENEL BİLGİLER 3 2.1. Vibrionaceae Familyası 3 2.2. Vibrio 3 2.3. Vibrio parahaemolyticus 4 2.3.1. V. parahaemolyticus’un VBNC (Viable But Not-Culturable- Görülebilir Fakat Kültüre edilemeyen) Formu 6 2.4. Vibrio parahaemolyticus Epidemiyolojisi 8 2.4.1. Küresel Isınmanın V. parahaemolyticus ile İlişkisi 13 2.5. Virulans Faktörleri 16 2.5.1. toxR 17 2.5.2. Isıya Dirençli Direkt Hemolizin (Thermostable Direct Hemolysin, TDH) 17 2.5.3. TDH İlişkili Hemolizin (TDH Related Hemolysin, TRH) 18 2.5.4. Termolabilhemolizin (Thermolabilehemolysin, TLH) 19 2.5.5. Tip III Sekresyon Sistemi (T3SS) 19 2.5.6. Tip VI Sekresyon Sistemi (T6SS) …………………………………………………… 21 2.5.7. Adezyon Faktörleri…………………………………………………………………… 21 2.5.8. Demir Alım Sistemi…………………………………………………………………... 21 2.5.9. Lipopolisakkarit Yapı………………………………………………………………… 22 2.6. Kanagawa Feromonu 22 2.7.Su Ürünlerinde Vibrio spp. 23 2.7.1. Karideslerde Vibriosis Hastalığının Yayılımı 24 2.8. Türkiye’deki Su Ürünleri Arasında Karidesin Yeri 25 2.9. Halk Sağlığı Açısından Vibrio parahaemolyticus’un Önemi 25 2.9.1. Su Ürünlerinde V. parahaemolyticus’a Karşı Alınabilecek Önlemler 29 2.9.2. Karideslerde Vibrio parahaemolyticus 32 2.9.3. Su Ürünleri Endüstrisinde Antibiyotiklerin Bilinçsiz Kullanımı Sonucu Antimikrobiyal Direnç ve Halk Sağlığına Etkileri 33 2.9.3.1. Vibrio spp. İçin Antimikrobiyal Dirençlilik 34 2.10. Vibrio Türlerinde Kullanılan İzolasyon ve İdentifikasyon Yöntemleri 35 2.10.1. Kültüre Bağlı Yöntemler (Geleneksel-Klasik Metot) 35 2.10.2. Kültürel Olmayan İzolasyon ve İdentifikasyon 38 2.10.2.1. Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Real-Time Polymerase Chain Reaction –PCR-PZR) Yöntemi ile İzolasyon ve İdentifikasyon 41 3. GEREÇ VE YÖNTEM 44 3.1. Gereç 44 3.1.1. Numunelerin Temini 44 3.1.2. İzolasyon ve İdentifikasyon Besiyerleri………………………………………………. 44 3.1.3. DNA Ekstraksiyon Kiti……………………………………………………………….. 45 3.1.4. Primerler………………………………………………………………………………. 45 3.1.5. Antibiyotik Duyarlılık Testleri…………………………………………………………45 3.1.6. Kullanılan Cihazlar……………………………………………………………………. 45 3.1.6.1. Stomacher Cihazı…………………………………………………………………… 45 3.1.6.2. Vortex………………………………………………………………………………. 45 3.1.6.3. Block Heater Cihazı………………………………………………………………… 46 3.1.6.4. Santrifüj Cihazı………………………………………………………………………46 3.1.6.5. TaqMan Real-Time PCR Cihazı……………………………………………………. 46 3.2. Yöntem…………………………………………………………………………………...46 3.2.1. Vibrio parahaemolyticus’un Fenotipik İdentifikasyonu 46 3.2.1.1. Vibrio parahaemolyticus Suşlarının Canlandırılması 47 3.2.2. Vibrio parahaemolyticus’un Genotipik İdentifikasyonu…………………………....... 48 3.2.2.1. DNA Ekstrasyonu 48 3.2.2.2. PCR Mastermiks Hazırlanması 48 3.2.2.3. Real-Time PCR Uygulaması 48 3.2.3. Antibiyogram Uygulaması 49 4. BULGULAR 52 4.1. Klasik Kültürel Yöntem Sonuçları 52 4.2. Real-Time PCR Sonuçları 54 4.3.Antibiyogram Sonuçları 55 5. TARTIŞMA 58 6. SONUÇ VE ÖNERİLER 67 KAYNAKLAR 69 BİLİMSEL ETİK BEYANI 91 ÖZ GEÇMİŞ 92 |
