| Popis: |
TÜRKĠYE’DE YAYILIġ GÖSTEREN CONRINGIA HESIT. EX. FABR. (BRASSĠCACEAE) CĠNSĠNĠN ÇEKĠRDEK (nrDNA) ITS VE KLOROPLAST (cpDNA) trnL-F DĠZĠLERĠNE DAYALI MOLEKÜLER SĠSTEMATĠK ANALĠZĠ Melike AYDOĞAN Yüksek Lisans Tezi, Tarımsal Biyoteknoloji Anabilim Dalı Tez DanıĢmanı: Doç. Dr. Emre SEVĠNDĠK 2021, 53 Sayfa Bu çalıĢma ile ülkemizde yayılıĢ gösteren Conringia cinsine ait türlerin çekirdek (nrDNA) ITS ve kloroplast (cpDNA) trnL-F bölgelerinin moleküler sistematik analizi yapılarak filogenetik iliĢkileri değerlendirilmiĢtir. ÇalıĢma sonucunda, Conringia türlerine ait ITS bölgelerinin Adenin + Timin bazının en çok olduğu türde oranı % 49.05 iken, en az olduğu türde ise % 40.39‟dur. Guanin + Sitozin bazının en çok olduğu türde oran % 59.61 iken, en az olduğu türde % 50.95‟dir. trnL-F bölgelerinin Adenin + Timin bazının en çok olduğu türde oran % 68.31 ve en az olduğu türse ise bu oran % 57.54 çıkmıĢtır. Guanin + Sitozin bazının en çok olduğu türde oran % 42.26 iken en az olduğu tüde ise % 31.69‟dur. Türler arası genetik uzaklık matrisleri incelendiğinde, ITS verilerinde birbirine en yakın mesafede olan türlerin değeri 0.00 iken, birbirine en uzak mesafede olan türlerin değeri ise 0.17‟dir. trnL-F verilerinde birbirine en yakın mesafede olan türlerin değeri 0.00, birbirine en uzak mesafede olan türlerin değerinin ise 0.90 olduğu gözlemlenmiĢtir. ITS ve trnL-F bölgelerinin yapılan Neighbor-Joining analizi sonucu oluĢan ağaçları 2 bütün grupdan oluĢmuĢtur. OluĢan filogenetik ağaçların sonuçları birbirini desteklemiĢtir. ĠÇĠNDEKĠLER ÖZET..................................................................................................................... vii ABSTRACT ............................................................................................................ix ÖNSÖZ ................................................................................................................... xi KISALTMALAR DĠZĠNĠ ................................................................................... xvii ġEKĠLLER DĠZĠNĠ ............................................................................................... xxi ÇĠZELGELER DĠZĠNĠ ...................................................................................... xxiii 1. GĠRĠġ ................................................................................................................... 1 1.1. Dünya‟da ve Türkiye‟de Brassicaceae Familyası ............................................. 2 1.1.1. Brassicaceae Familyası„nın Genel Özellikleri ............................................... 2 1.1.2. Brassicaceae Familyası„nın Ekonomik ve Tıbbi Önemi ................................ 3 1.2. Conringia Cinsine Ait Taksonlar ...................................................................... 4 1.3. Moleküler Sistematik ........................................................................................ 5 1.3.1. Moleküler Sistematikte Kullanılan DNA ÇeĢitleri ........................................ 6 1.3.1.1. Çekirdek DNA‟sının Genel Özellikleri ve Sistematikte Kullanımı ............ 6 1.3.1.1.1. Ġç Transkribe Olan BoĢluklar ( ITS)......................................................... 6 1.3.1.2. Kloroplast DNA‟sının Genel Özellikleri ve Sistematikte Kullanımı .......... 8 1.3.1.2.1. Genler Arası BoĢluk (trnL-trnF).............................................................. 9 1.4. Filogenetik Analiz ve Filogenetik Ağaç............................................................ 9 1.4.1. Filogenetik Ağaç OluĢturmada Kullanılan Yöntemler ................................. 10 2. KAYNAK ÖZETLERĠ ...................................................................................... 11 xiv 3. MATERYAL VE YÖNTEM ............................................................................ 18 3.1. Materyal .......................................................................................................... 18 3.1.1. Bitkisel Materyal ......................................................................................... 18 3.1.2. ÇalıĢmada Kullanılan Kimyasallar .............................................................. 20 3.1.2.1. Genomik DNA Ġzolasyonunda Kullanılan Kimyasallar ........................... 20 3.1.2.1.1. GeneMark Kiti Ġle Yapılan Ġzolasyonda Kullanılan Kimyasallar ......... 20 3.1.2.1.2. PCR‟de Kullanılan Kimyasallar ............................................................ 20 3.2. Yöntem ........................................................................................................... 21 3.2.1. GeneMark Kiti ile Yapılan DNA Ġzolasyon Protokolü ............................... 21 3.2.2. Kullanılan PCR Protokolleri ........................................................................ 22 3.2.3. Agaroz Jel Elektroforezi .............................................................................. 22 3.2.4. Dizileme ve Dizi Analizi ............................................................................. 23 3.2.4.1. Dizileme Reaksiyonu................................................................................ 23 3.2.4.2. Dizilerin ĠĢlenmesi.................................................................................... 23 3.2.4.3. Dizi Hizalaması ........................................................................................ 25 3.2.4.4. Filogenetik Analiz .................................................................................... 25 4. BULGULAR ..................................................................................................... 26 4.1. DNA Ġzolasyonu ve PCR Sonuçları ............................................................... 26 5. TARTIġMA VE SONUÇ .................................................................................. 28 5.1. ITS Bölgesine Ait Filogenetik Ağaçlar ve Analizi ......................................... 28 5.2. trnL-F Bölgesine Ait Filogenetik Ağaçlar ve Analizi .................................... 33 xv KAYNAKLAR ...................................................................................................... 43 ÖZGEÇMĠġ ........................................................................................................... 53 |
