| Autor: |
durand, karine |
| Přispěvatelé: |
École pratique des hautes études (EPHE), Université Paris sciences et lettres (PSL), Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS), Université d'Angers (UA)-Institut National de la Recherche Agronomique (INRA)-AGROCAMPUS OUEST, Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro)-Institut national d'enseignement supérieur pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (Institut Agro) |
| Jazyk: |
francouzština |
| Rok vydání: |
2017 |
| Předmět: |
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| Zdroj: |
Génétique des populations [q-bio.PE]. 2017 |
| Popis: |
La compréhension des mécanismes d’évolution permettant la différenciation etla spéciation des bactéries est cruciale pour estimer le potentiel évolutif des agentspathogènes et permettre la prévention des nouvelles maladies des plantes. L’espècebactérienne est à l’heure actuelle définie sur la base de similarité/dissemblance gé-nomique. Cependant, cette approche ne nous renseigne en rien sur les mécanismesévolutifs conduisant à la divergence génétique et génomique sur laquelle est baséela notion d’espèce bactérienne. Dans ce travail, nous avons étudié les processusgouvernant la divergence génétique au sein du complexe d’espèces Xanthomonasaxonopodis qui regroupe des souches responsables de maladies sur des culturesd’importance socio-économique majeure. L’étude de 73 génomes représentatifs dece complexe a révélé une structuration en cinq groupes. La structuration de cecomplexe n’étant pas liée à la géographie ou à l’hôte, nous avons étudié le rôleque peuvent avoir les flux de gènes dans la divergence et montré que l’impact dela recombinaison sur le polymorphisme était équivalent à celui de la mutation.Nous avons de plus noté une prépondérance de la recombinaison sur les branchesprécédant les événements de divergence en groupes. Une analyse de génomique despopulations et des scénarios de divergence ont montré que les flux de gènes étaientplus faibles entre des groupes ayant divergé récemment qu’entre des groupes plusdistants. L’absence de corrélation entre la distance génétique et le flux de gènesserait indicatrice de la présence de barrières génétiques ou écologiques entre cespopulations. Le flux de gènes entre groupes distants serait imputable à du contactsecondaire. Dans un deuxième temps il a été montré que la structuration du com-plexe basée sur la matrice de présence-absence des gènes du génome accessoireétait différente de celle basée sur le core génome, traduisant l’impact du transferthorizontal de gènes (HGT). Nous avons pu identifier que le partage d’une mêmeniche écologique était une condition nécessaire au HGT mais non suffisante. L’in-férence des gains et des pertes de gènes pendant l’histoire évolutive suggère uneintensification récente en accord avec les scénarios de divergence suivie de contactssecondaires inférés entre certains groupes. L’évolution des pratiques agricoles et lamondialisation pourraient être responsables de ces contacts secondaires. Le gaind’un cluster de gènes codant pour la biosynthèse des lipopolysaccharides avantla diversification du groupe 9.5 pourrait être impliqué dans la divergence de cegroupe. Les résultats présentés montrent que la divergence de ces groupes peutêtre due à l’accumulation de mutations, à la diminution de la recombinaison ho-mologue suite à la présence de barrières plutôt qu’à la distance génétique, ou àl’acquisition de gènes qui pourraient favoriser l’isolement écologique de certainsgroupes |
| Databáze: |
OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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