Les ontologies ATOL et EOL, des outils en appui aux nouveaux challenges en production porcine : Phénotypage et élevage de précision
| Autor: | Meunier-Salaün, Marie-Christine, Bugeon, Jérôme, Dameron, OLIVIER, Fatet, Alice, Hue, Isabelle, Hurtaud, Catherine, Joret, Léa, Nédellec, Claire, Reichstadt, Matthieu, Vernet, Jean, Le Bail, Pierre-Yves |
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| Jazyk: | francouzština |
| Rok vydání: | 2014 |
| Předmět: | |
| Zdroj: | 46èmes Journées de la Recherche Porcine. (46)2014; 46. Journées de la Recherche Porcine, Paris, FRA, 2014-02-04-2014-02-05, 281-285 |
| Popis: | La vocation des ontologies est de faciliter l’organisation et l’exploitation des connaissances et des données produites en grande quantité notamment en biologie. L’ontologie ATOL (http://www.atol-ontology.com) pour ”Animal Trait Ontology for Livestock” a été dédiée à la définition et l’organisation des caractères phénotypiques des animaux d’élevage (poisson, oiseaux, mammifères). Or, un phénotype résulte de l’action commune d’un génotype et de son environnement (plus des mécanismes épigénétiques). Sa définition nécessite donc aussi une description précise de l’environnement d’élevage. L’ontologie EOL pour ”Environnement Ontology for Livestock” a été ainsi créée pour décrire, de manière générique, les systèmes et conditions d’élevage. La combinaison des concepts des caractères phénotypiques des animaux (ATOL) et de ceux des conditions d’élevage (EOL) permettra la standardisation et l’annotation très précise des bases de données phénotypiques. Elle facilitera les approches intégratives et systémiques grâce à la représentation univoque des concepts en un langage partagé, commun aux différents utilisateurs et à l’accès automatisé à ces concepts rendu possible par des logiciels. Ces deux ontologies constituent un outil prometteur pour des projets d’expérimentation en particulier ceux portant sur l’élevage de précision, et à un appui méthodologique aux programmes d’amélioration génétique prédictive. Elles devraient être aussi de puissants outils pour la recherche d’informations dans les documents scientifiques et techniques, par les logiciels de pointe d’ores et déjà disponibles mobilisant l’analyse sémantique. Dans cet article la structure des ontologies, leurs caractéristiques et leurs applications en productions animales sont présentées et illustrées dans le domaine de la production porcine. The purpose of ontologies is to facilitate the organization and use of knowledge produced in large quantity especially in biology. The ontology ATOL for “Animal Trait Ontology for Livestock” (http://www.atol-ontology.com) has been devoted to the definition and organization of the phenotypic traits of farming animals (fish, poultry, mammals). However, a phenotype results from the joint action of genotype and environment (plus epigenetic mechanisms), thus its definition also requires a precise description of the animal rearing environments. The ontology EOL for “Environmental Ontology for Livestock” has been created to describe, in a generic manner, the livestock systems and the rearing conditions. The combination of the concepts of the phenotypic traits of animals (ATOL) and those of the rearing conditions (EOL) will allow standardization and a powerful annotation of animal phenotypic databases. It will also facilitate integrative and systemic approach with the unequivocal representation of the concepts in a shared language, common to different users with automated access by the use of software. These ontologies are promising tools for experimental projects especially those on precision livestock farming and methodological support for predictive breeding programs. They should also be powerful tools to retrieve relevant information in scientific and technical documents using advanced software already available mobilizing semantic analyses. The structure of the ontologies, their characteristics and their applications in the field of animal production, are presented and illustrated for pig production. |
| Databáze: | OpenAIRE |
| Externí odkaz: |
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