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Dans la filière « poule pondeuse », les candidats à la sélection sont actuellement évalués à partir de leur valeur génétique estimée (Estimated Breeding Value, EBV) en appliquant un modèle statistique prenant en compte l’ensemble des phénotypes disponibles sur leurs apparentés (BLUP). Le développement récent d’une puce de génotypage à haute densité (600K Affymetrix® Axiom® HD), permet d’envisager la mise en place d’une sélection génomique dans cette filière. La valeur génomique estimée (Genomic Estimated Breeding Value, GEBV) serait potentiellement plus précise que l’EBV, disponible dès la naissance de l’individu et potentiellement pour un plus grand nombre de candidats, engendrant ainsi un gain de progrès génétique. Par ailleurs, un même type génétique de poule pondeuse étant largement diffusé à travers le monde, les animaux produisent dans des environnements différents (alimentation, température, normes d’hygiène…). Des interactions génotype – environnement pourraient donc affecter l’estimation des valeurs génétiques des candidats à la sélection. L’objectif premier de ce travail est de préciser l’impact de celles-ci sur un panel large de caractères de production et de qualité des oeufs. De plus, les conséquences de l’architecture génétique des caractères sur l’estimation des valeurs génétiques ont été étudiées. Ainsi, 438 coqs de lignée pure ont été génotypés et les phénotypes de 31 381 de leurs filles croisées ont été mesurés pour des caractères de production et de qualité des oeufs. Une moitié de leur descendantes a été nourrie avec un régime bas en énergie métabolisable (2455 kcal) et l’autre moitié avec un régime haut en énergie métabolisable (2881 kcal). Par des analyses GWAS réalisées sur la moyenne et l’écart-type des performances de ces poules, nous avons pu mettre en évidence l’existence de QTL en interaction avec le régime et avec l’âge. Alors que pour la moyenne, 45% des QTL présentaient une interaction significative avec le régime alimentaire et/ou l’âge, 98% des QTL détectés dans l’étude sur l’écart-type présentaient une interaction significative avec l’environnement. Il semble donc que la variance des caractères soit plus sensible aux interactions génotype – environnement que la moyenne. Par la suite, nous avons étudié l’impact de ces interactions sur l’évaluation génétique ou génomique des candidats à la sélection. Pour cela, des coqs ont été évalués par 3 méthodes différentes (génotypique, génétique et génomique) pour 3 caractères d’architectures génétiques différentes (nombre de QTL et interactions avec le régime). Nous avons mis en évidence que les interactions génotype – régime n’influençaient pas le classement des candidats, les corrélations génétiques ou génomiques entre les caractères mesurés dans chacun des régimes étant supérieures à 0,95 dans tous les cas. Nous avons également montré que l’évaluation génomique permettrait, dans certains cas, une évaluation plus précise des candidats. En conclusion, il semble que l’environnement influence l’architecture génétique des caractères, car des QTL ayant des effets différents en fonction de l’environnement ont été identifiés. Néanmoins, les interactions génotype – régime mises en évidence n’impactent pas le classement des candidats à la sélection. La mise en place d’une sélection spécifique au régime ne semble donc pas nécessaire. L’implémentation de la sélection génomique dans la filière « poule pondeuse » semble prometteuse, car elle permettrait une estimation plus précise des valeurs génétiques, et cela plus précocement dans la vie des individus, que l’évaluation sur pedigree. |
